薄层层析法对样品处理繁琐，实验过程复杂，所需时间多，易受杂质干扰，较适合于对AF的定性检测，是研究AF初期所使用的主要方法。今后，虽然薄层层析法在不断地改进，并在一般实验室均可完成操作，但由于它复杂的前处理过程致使在应用中仍然会受到一定程度的限制。

　　高效液相色谱法测定AF，技术水平要求较高，目前采用这种方法检测AF较多，但具体一次实验所使用的化学药剂和处理途径差别很大，对实验结果的精度造成影响，这种方法还应在实践中进一步改进。但总体上说高效液相色谱法操作较为简便，同时可检测多个AF种类，适于大批量样品的分析。将免疫亲和柱与高效液相色谱法结合应用，是目前采用较多的一种方法，今后将被广泛应用。

　　微柱法测定AF，主要是用来检验AF的存在与否以及快速筛选出超标样品，而要对AF种类进行区分定量检验，则需要对不同AF组分进行分离，再利用其他方法检测。因此，微柱法并不能完成整个AF检测过程，仅适用于定性检验。

　　酶联免疫吸附法操作简便，使用较为安全，但由于酶本身的不稳定性，用此方法检验AF有可能带来假阳、阴性结果，而且研制出的AF快速测试盒多以测定最具毒性的种属为主，食品和饲料工业上利用它来界定食品或饲料中AF的超标问题。酶联免疫吸附法的检测精度还有待于提高。

　　溴化荧光分光光度法的最大优点是检测时不使用AF对照品，同时快速、灵敏，适合大批量样品普查，仪器价格也较低，张雪辉等比较了用SFB法和溴衍生HPLC检测中药中AF的结果，发现SFB法在测定中药时可能出现许多假阳性结果。