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噬菌体DNA在滤膜上的杂交实验

2019.9.12

           

实验方法原理 通过用 32P 标记探针的原位杂交,可筛选携带有固定化 DNA 的滤膜,这些 DNA 来源于噬菌斑。该技术是强有力的、高度特异的和很灵敏的,能从数千个噬菌斑中鉴别出单一的重组子。
实验材料

噬菌体 DNA 放射性标记探针

试剂、试剂盒

氯仿 预杂交液 SM SSPE

仪器、耗材

煮沸的水浴 玻璃(Pyrex ) 烘烤平皿或其他杂交器皿 胶水 培养箱 放射性墨 Whatman 3 MM 纸

实验步骤

一、材料

1. 缓冲液和溶液

氯仿

预杂交液

SM

2X SSPE

洗液 1(2X SSC,0.1% (m/V) SDS)

洗液 2(1X SSC,0.1% (m/V) SDS)

洗液 3(0.1X SSC,0.1% (m/V) SDS)

2. 核酸和寡核苷酸

固定于膜上的噬菌体 DNA

放射性标记探针

3. 专用设备

煮沸的水浴(用于双链探针变性)

玻璃(Pyrex ) 烘烤平皿或其他杂交器皿



胶水,水溶性(如 FaberCastell 公司的 UHU Stic)

预置于适宜杂交温度的培养箱

放射性墨

Whatman 3 MM 纸

二、方法

1. 如果滤膜是干的,将经烘烤或交联的滤膜漂浮在 2X SSPE 表面,直到自下而上完全湿透,再将滤膜浸没 5 min。

2. 将滤膜转移至含有预杂交液的 Pyrex 平皿或其他杂交器皿中,每张 82 mm 滤膜用 3 ml 预杂交液或每张 132 mm 滤膜用 5 ml 预杂交液。将滤膜置摇床中于适宜的温度下(即在水溶液中杂交为 68℃,在 50% 的甲酰胺溶液中杂交则为 42℃)温和地振摇 1~2 h 或更长。

3. 通过 100℃ 加热 5 min 变性 32P 标记的双链探针,然后置冰水浴快速冷却,而单链探针不需要变性。



4. 将变性探针加入至浸泡了滤膜的预杂交液中,在适宜的温度下温育 12~16 h。

5. 当杂交完成后,将滤膜快速从杂交液中取出,立即浸入放置于室温的大体积(300~500 ml ) 洗液 1 中。轻轻晃动滤膜,且在清洗过程至少翻动一次。5 min 后,转移至新鲜的洗液中,继续轻轻晃动。再重复漂洗过程两次。

6. 在 68℃ 于 300~500 ml 的洗液 2 中漂洗两次,时间为 1~1.5 h。

7. 将滤膜置于 Whatman 3 MM 滤纸或纸巾上,在室温风干。在滤膜的背面贴上水溶性胶水,然后排列在一张干净、干燥、平整的 3 MM 滤纸上(编号的一面朝上),并用力压滤膜,使其粘在滤纸上而无法移动。在 3 MM 滤纸上选数个非对称的点,滴上放射性墨汁或化学发光标记。这些标记被用于对齐放射自显影与滤膜。用 Saran 公司的包装膜(Wrap/Cling Film) 盖住滤膜和标记。用胶带将包装膜在 3 MM 滤纸的背面封住,将滤纸上的包装膜拉直,防止起皱。

8. 将滤膜进行 X 射线片(Kodak 公司 XAR-2、XAR-5 或相当产品)曝光,带增感屏 -70℃ 曝光 12~16 h。

9. 将 X 射线片显影,根据放射性墨汁或化学发光标记与滤膜对齐,然后用非放射性的红色纤维尖头笔在 X 射线片的相应位置标上对应于编号滤膜的非对称性点。

10. 通过与琼脂平板上方向标记的比对找到阳性克隆。

11. 挑取阳性克隆,并保存于含 1 滴(50 μl ) 氯仿的 1 ml SM 中。

12. 为了纯化杂交阳性的噬菌斑,将从扣取琼脂块上回收到的噬菌体组分(通常为 50 μl 10-2 稀释液)铺平板培养,随后进行新一轮的杂交筛选。

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