在寻找疾病相关基因的研究中，使用基因芯片对家系进行连锁分析，将基因定位于少数几个区域中，接着进行外显子组测序或全基因组重测序寻找候选区域中的遗传变异，是一个准确高效的研究方案。本文列举了上海交通大学医学院附属新华医院皮肤科李明老师团队的两项研究，均使用了上述方法成功找到了疾病相关的基因变异位点。该研究中的Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片和外显子组测序服务由上海伯豪生物技术有限公司提供。

研究思路

研究案例

案例一 连锁分析和重测序揭示Basan综合征相关SMARCAD1突变

该研究使用了连锁分析和全基因组重测序发现了一个新的SMARCAD1基因选择性剪切突变，此突变被认为引发了Basan综合征。在此研究之前，已有研究在患有Basan综合征的美国家庭鉴定出了SMARCAD1基因的5个突变。Basan综合征是一种罕见的常染色体显性遗传病，症状为可自愈的先天性肢端水疱、粟丘疹、无指纹及掌跖角化过度等。本文的研究对象是一个患有Basan综合征的家系（见图1）。具体病征见表1。

图1.1. 患有Basan综合征的家系图谱。箭头所指为先证者。

表1. 家系中8例患Basan综合征的临床表现

研究首先使用了Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片对整个家系样本进行基因分型。过滤掉低质量位点，单态位点，以及不符合孟德尔定律的位点后，得到11,152个SNPs用于连锁分析。由于Basan综合征存在类似遗传性大疱性表皮松解症的临床表现，因此先排除掉已知相关基因KRT5的突变。随后连锁分析得到了两个相关区域，为4p15.31-4p14和4q13.2-4q23。