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大片段PCR的注意点

2019.3.02

在实验室使用PCR仪进行PCR时,遇到3-5kb以上的大片段DNA时,许多同学的扩增结果往往出现假阴性,条带模糊等不理想的情况。那么对于大片段的DNA进行PCR时要注意哪些?怎样才能得到理想的结果呢?

主要从以下方面入手更正:


1,确定反应体系各组分的量是否足够(如引物量、模板量,镁离子量等);

2,确定延伸时间是否足够,计算适当增加延伸时间(延伸时间要足够长,一般按1min/kb延伸。);

3,确定退火温度是否合适,适当降低退火温度;

4,确定所使用的酶是否合适,可试试TakaraLA Taq等;

5,适当提高反应体系的pH值,反应初始pH应控制在pH8.8-9.2范围内;

6,缩短升温、降温过程,尽可能选择导热性优良的薄壁反应管;


其中对于酶的选择较为关键:对于大于4kbPCR,建议使用长片段PCRTaq(TAKARA公司的LA-TaqMBI公司的long PCR Enzyme Mix。引物是则是另一个重要的因素:引物长度zui好在20~25bp之间,Tm60度左右,可Primer premier5.0等软件设计,两条引物Tm不应相差超过4摄氏度。



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