RNAi抑制转座子活性两方面的证据提示转座子活性的抑制与siRNA有关① 发现蠕虫mut-7 基因参与RNAi 并且与转座子的转座抑制有关；② 在果蝇中，参与RNAi 的RNA 解螺旋酶Spindle-E 的突变将导致该基因引起的基因沉默的缺失，同时提高了反转录转座子活性。

RNAi抵御病毒感染在拟南芥中研究转基因引起基因沉默时发现，sgs2/sde1基因突变的拟南芥对病毒的侵染表现出高度的敏感性 。

RNAi参与异染色质的形成和维持Hall 等研究表明，着丝粒同源重复序列和RNAi 组分一起正负调节着异染色质的形成并共同促使异染色质组装成核；Vople 等在敲除裂殖酵母( S. pombe) 的RNAi 途径基因( 如Argonaute 、Dicer 、RDRP) 时发现异染色质转录得到的dsRNA可以在RNAi 途径的参与下，加工成si RNA，si RNA 募集异染色质蛋白1( HP1) ，然后靶向性引起相应异染色质区域的转基因沉默。

RNAi参与机体的发育调控及生理代谢RNAi 只抑制转录后的基因，所以RNAi 在生物体发育学研究中具有优势。Chuang 等用RNAi 技术进一步证实了AG、CLV3 、AP1 、PAN 等已知功能基因在拟南芥花发育过程中的功能。在RNAi 过程中形成的RISC 复合物可根据不同情况分别利用si RNA 或stRNA 行使不同的功能，但最终均导致特定基因沉默。