Nature Genetics | 何川团队绘制淋巴母细胞样细胞系QTL图谱
N6-甲基腺苷（m6A）在调节信使RNA加工中起重要作用。尽管在该领域取得了快速进展，但对m6A修饰的遗传决定因素及其在常见疾病中的作用了解甚少。
2020年6月29日，芝加哥大学何川等团队在Nature Genetics 在线发表题为“Genetic analyses support the contribution of mRNA N6-methyladenosine (m6A) modification to human disease heritability”的研究论文，该研究绘制了60个Yoruba（YRI）淋巴母细胞样细胞系中m6A峰的定量特征位点（QTL）。
该研究发现，m6A QTL很大程度上独立于表达和剪接QTL，并且富含RNA结合蛋白的结合位点，RNA结构改变变体和转录特征。对m6A的QTL及其相关分子性状的联合分析表明，m6A的下游效应是异质的，且取决于环境。该研究鉴定了介导m6A对翻译的影响的蛋白质。通过与全基因组关联研究数据的整合，该研究显示m6A QTL以与剪接QTL和表达QTL约一半相当的水平促进了各种免疫和血液相关性状的遗传。通过在整个转录组关联研究框架中利用m6A QTL，该研究鉴定了这些特征的推定风险基因。
m6A修饰在许多调节过程中起着关键作用，包括前mRNA加工，mRNA运输，mRNA稳定性和翻译效率。m6A的水平由m6A编写器（特别是METTL3–METTL14复合体）和檫除器（如ALKBH5和FTO）控制。m6A的下游功能由识别m6A和调节mRNA加工的阅读器蛋白介导。这些m6A介导的调节途径影响许多生物学过程，例如发育，应激反应，免疫和神经元功能。
尽管进展很快，但对m6A调控和功能的理解仍存在明显差距。在mRNA的所有腺苷位点中，只有一小部分经过m6A修饰，对控制这种特异性的了解很少。虽然一些m6A阅读器蛋白已被详细表征，但对RNA序列背景可能如何影响阅读器和下游效应对m6A的识别知之甚少。在表型水平上，m6A的失调与癌症的进展有关。但是，对于m6A变异是否会导致其他常见疾病，仍然知之甚少。
为了填补这些空白，研究人员采用了一种遗传方法，该方法基于与mRNA转录本或m6A QTL中m6A水平相关的定位变异体。QTL的分子特性分析为基因调控提供了独特的见解。分子QTL，尤其是表达QTL（eQTL），富含人类疾病相关变体，可用于鉴定易感性变体和基因。
研究人员使用淋巴母细胞样细胞系（LCL）绘制了m6A QTL，为这些分子提供了多个分子性状的QTL数据。研究人员发现m6A共有基序（RRACH）虽然高度丰富，但仅解释了m6A QTL的一小部分。研究人员观察到m6A QTL富含RNA结合蛋白（RBP）目标位点riboSNitches（影响RNA二级结构的变体）和转录特征，表明这些因素是m6A的重要调节剂。通过与其他分子QTL数据的整合，该研究发现m6A对下游特征（例如翻译）的调控作用可能会在m6A位点之间以上下文相关的方式变化。
该研究绘制了60个Yoruba（YRI）淋巴母细胞样细胞系中m6A峰的定量特征位点（QTL）。该研究发现，m6A QTL很大程度上独立于表达和剪接QTL，并且富含RNA结合蛋白的结合位点，RNA结构改变变体和转录特征。对m6A的QTL及其相关分子性状的联合分析表明，m6A的下游效应是异质的，且取决于环境。该研究鉴定了介导m6A对翻译的影响的蛋白质。通过与全基因组关联研究数据的整合，该研究显示m6A QTL以与剪接QTL和表达QTL约一半相当的水平促进了各种免疫和血液相关性状的遗传。通过在整个转录组关联研究框架中利用m6A QTL，该研究鉴定了这些特征的推定风险基因。
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