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动物细胞基因组DNA提取实验

2020.4.23

实验原理

真核生物的DNA是以染色体的形式存在于细胞核内,制备DNA将DNA与蛋白质、脂类和糖类等分离,同时保持DNA分子的完整。提取DNA的过程是指将分散好的组织细胞在含SDS(十二烷基硫酸钠)和蛋白酶K的溶液中消化分解蛋白质,再用酚和氯仿/异戊醇抽提分离蛋白质,得到的DNA溶液经乙醇沉淀使DNA从溶液中析出。蛋白酶K的重要特性是能在SDS和EDTA(乙二胺四乙酸二钠)存在下保持很高的活性。

在提取DNA的反应体系中,SDS用于细胞膜、核膜,并使组织蛋白与DNA分离,EDTA则抑制细胞中Dnase活性;而蛋白酶K可将蛋白质降解成小肽或氨基酸,使起与DNA分子分离开来。

实验材料

(1)细胞裂解缓冲液:  

Tris (pH8.0) 100 mmol/L ;EDTA (pH 8.0) 500 mmol/L; NaCL 20 mmol/L; SDS 10% ;胰RNA酶 20ug/ml。

(2)蛋白酶K: 称取20mg蛋白酶k溶于1ml灭菌的双蒸水中,用一次性过滤器过滤除菌,-20℃备用。

(3)TE缓冲液(pH 8.0),高压灭菌后室温贮存。

(4)酚:氯仿:异戊醇=25:24:1(体积比)。

(5)NaAc 3 mol/L。

(6)异丙醇、冷无水乙醇、70%乙醇、灭菌水。

实验过程

1、取新鲜或冰冻动物组织块0.1g(0.5cm3),尽量剪碎。放入匀浆器中,加入2ml细胞裂解缓冲液,然后充分研磨,至不见明显组织块,然后转入1.5ml 离心管中,以12000 rpm离心5min。

2、弃掉上清,加入0.4ml细胞裂解缓冲液,迅速吹散沉淀。加入20ul蛋白酶K(0.2mg/ml),混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,或转入37℃水浴12~24h,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另一离心管中。

3、加入等体积酚:氯仿:异戊醇抽提一次,温柔混匀。4℃条件下,10000rpm,离心10min。

4、轻轻吸取上层液面,注意不要吸到两层之间的白色沉淀。如上层液面中白色沉淀较多或浑浊可以再次加入等体积酚:氯仿:异戊醇抽提一次。

5、向吸取的上清液中加入1/10体积的NaAc,轻柔混匀,然后加入2.5倍体积的-20℃预冷的无水乙醇,轻柔混匀后,-20℃冰箱中沉淀过夜。

6、12 000rpm 离心 20min,弃上清;加入-20℃预冷的75%乙醇,12000rpm 离心 15min 室握温干燥,加入适量无菌水溶解基因组DNA,存放于 4℃,如溶解不充分可轻摇溶解过夜。

注意事项

1、选取的组织须是新鲜材料,且处理时间不宜过长。

2、操作过程尽可能在低温条件进行,避免基因组DNA降解或断裂。

3、使用酚:氯仿:异戊醇,乙醇抽提或沉淀DNA时须轻柔操作,避免DNA降解或断裂。

4、实验中会使用到有机试剂,须注意防护,并在通风条件下进行操作。

常见问题及分析

出现问题

原因

解决方法

获得的DNA量少

材料不新鲜

选择新鲜材料,并缩短处理时间

所用组织未充分研磨

低温条件下充分研磨组织,无明显组织块


抽提或沉淀操作失误

所用试剂须提前预冷,离心操作最好是能在低温下进行。


未充分溶解所得DNA

增加溶解用无菌水,并轻摇溶解


DNA不易溶解或溶解后浑浊

杂质较多

增加酚氯仿抽提次数,抽提后减少吸取液体量,避免吸入杂质。

沉淀太干

操作时注意避免过度晾干,,加入无菌水溶解后,轻摇溶解。


电泳时条带不带一或有背景

RNA污染

加入RNAase,排除RNA污染。

DNA降解或断裂

实验操作过程中注意轻柔操作,尽可能在低温条件下进行。


 


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