普通PCR仪：

　　一般把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，称之为普通PCR仪，也就是传统的PCR仪。如果要用它做不同的退火温度则需要多次运行。如；（ABI 2720）

　　梯度PCR仪：

　　一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。不同的DNA片段其最适合的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的最适合退火温度进行有效的扩增。

　　梯度PCR仪主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约成本。在不设置梯度的情况下亦可当做普通的PCR用。如；（ABIVeriti96、Bio-RadT100）

　　原位PCR仪：

　　PCR是提取细胞或组织中的DNA进行基因扩增反应，而原位PCR是保持细胞或组织的完整性，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置上进行基因扩增。不但可以检测到靶DNA，而且还可以了解靶DNA存在于何种细胞中，更有利于探讨靶DNA与细胞之间的关系。