植物中首个多物种参考面板的综合数据库构建成功
11月2日，华中农业大学信息学院生物信息团队在《核酸研究》发表研究成果，通过收集包括水稻，玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息，构建了植物中首个多物种的高质量遗传参考变异库，为植物遗传育种研究提供了宝贵资源。
基因型填充是根据参考面板（又译参考集）中的单体型和基因型对目标样本中缺失基因型的估计填充过程。基因型填充可以有效增加单核苷酸多态性（SNPs）的密度，因此被广泛用于相对便宜和低密度的SNP芯片的填充以进行大规模全基因组关联研究（GWAS）。然而，大多数植物缺乏高质量的参考面板，这极大地限制了基因型填充在植物中的应用。
为了克服这一限制，研究者开发了植物遗传参考变异库——Plant-ImputeDB，数据库通过整合了包括水稻、玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息和全基因组重测序数据（包括34244个样本的约6990万个SNP的遗传变异信息），构建了植物中首个多物种参考面板的综合数据库。
该数据库（链接为http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/）提供在线的基因型填充，支持SNP和基因组block两种方式搜索、浏览并提供相应数据下载，同时接受不同类型的基因组变异数据的提交，提供对所有公开可用数据的免费和开放访问，以支持全球范围内的相关研究。
该研究成果得到了中央高校基本科研业务费、国家重点研发计划、华中农业大学科技创新基金等项目的资助。
图片来自互联网
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