按照传统的分类，古生物学家一般将翼龙分为两大类群，一类是较为原始的喙嘴龙类，具有短颈、长尾等特征。这类翼龙出现于晚三叠世，并在侏罗世达到鼎盛，又在晚侏罗世或早白垩世消失。另一类在形态上具有长颈、短尾等特征，属于较进步的翼手龙类，它们出现于晚侏罗世，并贯穿整个白垩世，最后消失在6500万年前的白垩世末期。

　　喙嘴龙类与翼手龙类在形态特征上有一些明显的差别：喙嘴龙类的上、下颌都具有牙齿，鼻孔和眶前孔分离，枕髁指向后方，方骨相对垂直，颈椎及翼掌骨都较短，具颈肋，第五脚趾长，绝大部分都是长尾的。仅有蛙嘴龙类这一特殊的类群，虽然它们不具长尾，但却具有喙嘴龙的其他特征。翼手龙类的牙齿一般分布在上、下颌的吻端，在数量上呈现多样化趋势，有的种类牙齿完全退化消失，如晚白垩世的无齿翼龙类和我国热河生物群发现的中国翼龙等，有的种类牙齿却多达上千颗，如在阿根廷发现的南方翼龙等。翼手龙类的鼻孔和眶前孔愈合为鼻眶前孔，枕髁指向后下方，方骨相对水平，颈椎和翼掌骨都较长，一般不具有颈肋，第五脚趾退化或消失，短尾。