弱带或无带

上样的DNA量不够

增加DNA的上样量，聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高

DNA降解

避免DNA的核酸酶污染

电泳时间过长，DNA跑出

减短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度

EB染色的DNA，紫外光源不合适

应用短波长（254nm），增强紫外灯灵敏度

DNA带缺失

小DNA带走出凝胶

减短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度

分子大小相近的DNA带不易分辨

增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度

DNA 变性

电泳前请勿高温加热DNA链，以20mM NaCl Buffer稀释DNA

巨大DNA链，凝胶电泳不合适

在脉冲凝胶电泳上分析

DNA带模糊

DNA降解

避免核酸酶污染

DNA上样量过多

减少凝胶中DNA上样量

所用电泳条件不合适

电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃,巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力

DNA样含盐过高

电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐

有蛋白污染

电泳前酚抽提去除蛋白

DNA变性

电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA

不规则DNA带迁移

对于λ/Hind III片段COS位点复性

电泳前加热DNA 65℃加热5-10分钟，然后在冰上冷却5分钟

电泳条件不合适

电泳电压不超过20V/cm，温度＜30℃，电泳缓冲液有足够的缓冲能力

DNA变性

以20mM NaCl Buffer稀释DNA，电泳前勿加热