杨芃原：色谱质谱联用中的保留时间校正和蛋白质组定量
2014年4月20日上午，第十届全国生物医药色谱及相关技术学术交流会大会报告在威海盛大召开。来自复旦大学的杨芃原教授作为本次大会的嘉宾，带来了题为《色谱-质谱联用中的保留时间校正和蛋白质组定量》的报告。
复旦大学 杨芃原教授
杨芃原教授首先说道现今蛋白质组的色谱分离和分析已经产生了色谱大数据，在大数据时代要求我们重新探索色谱大数据的定性和定量关系，再快的质谱也难做所有峰的MS/MS。
大数据如何利用色谱保留时间的信息
单个的细胞系给出约8500个蛋白，在MaxQuan的软件里，根据在色谱保留时间的信息有能力找到相同的出峰时间的肽，同时分析的质量准确度 高，而这条肽在一个流程分析中被质谱仪抓到了串级而在另一个流程分析总错过了(由于质谱分析的速度问题)，软件则认为这条肽的结果也适用于未能分析到的另 一个流程。Matching between runs新技术使蛋白的鉴定能力提高20%。
蛋白质组分离采用散弹技术也同样面临大数据挑战，例如2万条非冗余蛋白酶切后产生22万条肽段，第一维分离22个馏分，第二次需要分离1万个肽段，如此大的分离馏分已经远远超过了目前二维色谱的能力，在此使用到了Ruedi的新策略SWATH技术。经过各种色谱质谱图分析，只有重标的会有 MS/MS双峰。
随后，杨芃原教授给我们报告了色谱大数据的图像处理技术；化学计量学用于蛋白质的定量；色谱联用的化学计量学定量技术。在化学多维校正方法用于肽段混合物中特征肽段中，可以克服未知背景干扰，实现同时定性定量。
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