根系的分析历史也比较长远了，在这样的状态之下，根系的研究方法也总结出来很多，从根系研究科学的开始到现在利用科学计算机技术，对根系的分析重点没有变，变的只是分析的工具。现代根系分析系统的应用使分析过程更精准更全面。

因为根系是作物的地下营养器官，不仅为作物吸收土壤中的水分和养分，固定植株，更是氨基酸、激素等微量活性物质合成与转化的场所。对于根系的分析历史如果追溯起来也是一本厚厚的历史资料，1923年美国植物生态学家Weaver首创经典挖掘方法进行根系研究，此后作物根系研究逐渐展开，但进展缓慢。

根系分析系统的基本原理是将扫描系统与图形分析软件结合起来，利用图像分析软件对扫描的根系图像进行分析，计算出根系长度、表面积、体积、根尖数量等指标。其中RootVizFS系统可以全方位拍摄根系的立体X-光照片，是非破坏性的原位分析系统，非常适合于研究植物根系对胁迫的动态响应。根系分析系统的应用降低了研究者对根系参数获取的难度，但高精确度以及对大田植株整体根系的动态监测还难以实现。