人类白细胞抗原的基本分类

第一类MHC分子

第一类MHC分子由一个跨越细胞膜的α链和一个连在这个链上的、细胞外的β2微球蛋白组成。整个分子由四个区组成，其中三个区位于α链上（α1-α3），β2微球蛋白组成第四个区。分子位于细胞外的部分（α1和α2）组成一个凹坑，肽可以粘在这个凹坑里。粘在这里的肽一般是在蛋白酶体里被拆除的蛋白质的残片。免疫细胞（比如CD8+-T细胞）可以检验这些被粘在细胞表面的肽来区分自身和外来的细胞。所有含有细胞核的身体内的细胞都有第一型人类白细胞抗原，这些分子又可以细分为HLA-A、HLA-B和HLA-C。[来源请求]

第二类MHC分子

第二类MHC分子由一个α链和一个β链组成，两个链都穿过整个细胞膜。在细胞外这个分子有四个区（α1、α2、β1和β2），其中α1和β1组成一个凹坑。第二型人类白细胞抗原比第一型稍大些。只有吞噬性的细胞（比如巨噬细胞、B细胞）的表面有第二型人类白细胞抗原。在巨噬过程中被溶酶体分解的蛋白质的肽被粘在第二型人类白细胞抗原的凹坑里。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。[来源请求]

第三类MHC分子

与前两型不同的是第三类MHC分子主要属于补体系统，参加不分别免疫。它可下分为C2、C4和Bf。