1) 不同的元素激发和探测效率不同，有的元素很容易激发和检测，有的元素很难激发和检测，那么强度和含量的关系大不相同。

　　2) X射线荧光光谱分析中一个重要的难点是解决元素之间的吸收增强效应的问题。

　　最简单的方法当然是采用标准样品，通过检测标准样品的荧光强度，在荧光强度和含量之间通过最优化算法（线性或非线性最小二乘回归或其它最优化算法），建立数学模型。采用建立的数学模型对未知样品进行定量分析，通常称之为经验系数法。

　　经验系数法不可避免的问题是离不开标准样品，如果存在元素之间的吸收增强效应，为了通过最优化算法得到元素之间互相的影响系数，需要的标准样品的个数会更多。即使有足够多的合格标准样品（通常是比较难的），得到的数学模型的适用范围也会受限，通常不能超出标样涵盖的范围。之所以多数X射线荧光分析仪分析的元素种类有限，部分原因在于找不到标准样品，没有标准样品的元素，即使硬件上是可分析的，定量精度也无法得到保证。

　　所以，通常经验系数法适用于样品基体相对稳定、元素种类有限，且具备系列标准样品的情况，一但上述情况变得复杂，经验系数法定量精度就受到挑战，从而，经验系数法限制了XRF定量精度和应用范围。