m6A修饰的YTHDF1与介导EIF3C对卵巢癌进展的影响（一）
文章导读
m6A是真核生物中最常见的一类RNA修饰，能够在多种生物过程中发挥重要作用，例如癌症发生发展、细胞分化、压力应答、免疫反应以及神经发育等。2019年m6A修饰曾创下单月发表100+篇10分影响因子的辉煌。2020年1月何川教授团队再次带领m6A登上顶级期刊Science，预示着m6A等RNA修饰将继续引领新一年的科研热点。
目前大部分研究主要探究m6A对蛋白编码基因的调控——即影响mRNA稳定性或翻译效率。2020年1月30日高分期刊Nucleic Acids Research上再次发表论文，证实 m6A阅读器YTHDF1能够增强EIF3C的翻译促进其表达，进而加强卵巢癌细胞整体翻译水平，促进卵巢癌的恶性进展。
原文链接：The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation
发表期刊：Nucleic Acids Research
影响因子：11.147
发表日期：20200130
运用技术：RNA-seq、MeRIP-seq、RIP-seq和RIP-qPCR等（云序提供以上服务）
文章内容
1.YTHDF1在卵巢癌中高表达
为了研究m6A在卵巢癌发展中的作用，作者首先使用TCGA数据集分析了m6A相关的酶在卵巢癌中的遗传变异和表达水平，其中YTHDF1基因扩增最频繁且其表达显著升高。接着，作者根据两个GEO数据集（GSE66957和GSE54388）分析了YTHDF1在卵巢癌中的表达，发现与正常卵巢上皮细胞相比，YTHDF1在卵巢癌中表达上调。
图1 YTHDF1在卵巢癌中高表达
2. YTHDF1调节卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭
为了探索YTHDF1在卵巢癌中的功能，作者沉默YTHDF1后检测卵巢癌细胞的表型。通过CCK8分析发现，YTHDF1的沉默显著影响了A2780和SKOV3卵巢癌细胞的生长。此外，EdU染色表明，在YTHDF1沉默后，卵巢癌细胞的增殖显著降低。同样，克隆形成实验克隆形成实验表明，敲除YTHDF1后细胞的生成能力受到抑制。此外，细胞迁移和侵袭实验表明，YTHDF1沉默会降低细胞的迁移和侵袭能力。这些结果：表明，YTHDF1在卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭中起重要作用。
图2 YTHDF1调节卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭
3. YTHDF1沉默抑制体内卵巢癌细胞的发生和转移
为了评估YTHDF1在体内卵巢癌中的致癌作用，作者应用了小鼠裸鼠成瘤实验进行了探究。首先，将YTHDF1缺陷型A2780卵巢癌细胞和对照细胞分别皮下注射到裸鼠中。4周后，处死小鼠并分离肿瘤。源自YTHDF1缺陷型组的肿瘤明显小于对照组。同时，与对照小鼠相比，具有YTHDF1基因敲低的小鼠的平均肿瘤体积和处死时的重量明显降低。作者还评估了这些实体瘤中的细胞增殖和凋亡指数。与对照细胞相比，YTHDF1沉默的肿瘤中Ki-67信号降低，caspase-3活性增加。注射YTHDF1沉默细胞，可大大消除细胞在腹腔内形成继发性肿瘤的能力。这些结果共同证明了YTHDF1在卵巢癌中的致癌作用是通过调节细胞增殖和转移来实现的。
图3 在卵巢癌中YTHDF1通过调节细胞增殖和转移致癌
4. 寻找YTHDF1靶基因--EIF3C
为了探索YTHDF1在卵巢癌发展中的潜在机制，作者分别对YTHDF1敲除和对照组的A2780细胞进行了RNA-seq（云序提供此服务）。分析结果发现了1715个差异表达的基因，包括633个上调基因和1082个下调基因。同时，作者对过表YTHDF1的A2780细胞分别进行了m6A-seq和RIP-seq（云序提供此服务）。通过m6A-seq分析，作者从3990个基因中鉴定出8104个m6A峰，这些m6A修饰主要位于mRNA中（91％），并在终止密码子附近富集。RIP-seq揭示了1698个潜在的YTHDF1候选靶基因，其中93％是mRNA。RNA-seq、m6A-seq和RIP-seq取交集后发现，与YTHDF1结合的693个基因被m6A标记，其中647个（93.4％）基因表达未发生改变。这些结果表明YTHDF1不会影响其靶基因的RNA丰度，与前人研究一致。此外，功能注释显示这647个基因参与了多个RNA代谢过程，包括翻译、mRNA剪接和RNA稳态。
