PCR的引物
特异性的引物决定了所扩增的DNA片段，引物（primer）本质上是人工合成的小片段寡聚核苷酸片段，一般不超过50个碱基（通常18－25个），它们与所要扩增的DNA片段的正链与负链的末端完全互补。在“退火”时引物结合于DNA模板的起始和终止点，DNA聚合酶结合到这两个位置，开始合成新的DNA链。
选择引物的长度和融解温度（ ）要考虑许多条件。引物的融解温度与聚合酶链式反应第一步中DNA的变性温度不同，是指50％的引物与模板结合时的温度，高于这个温度的引物与模板就不能有效结合。这个温度随着引物长度的增加而升高。如果引物长度太短，就有可能与DNA模板的几个位置结合，造成非特异性复制。另一方面，引物长度也受限于 。如果 太高，即高于80℃，也会导致问题，因为DNA聚合酶在此温度下活性较低。引物最优长度通常为20到40个碱基，融解温度从60℃到75℃。
有时也用到简并引物，是一些相似但不相同的引物的混合物。通常用于从不同的生物DNA中扩增相同的基因，因为这些基因通常都是近似但不相同的。应用简并引物的另一种情况是根据蛋白质序列设计引物时，由于密码子的简并性，通常难以判断在DNA中究竟是哪个密码子编码的这个氨酸。例如编码异亮氨酸的引物可能使用"ATH"，A是腺嘌呤，T是胸腺嘧啶，H可能是腺嘌呤，胸腺嘧啶或者胞嘧啶。使用简并引物在很大程度上降低了聚合酶链式反应扩增等特异性，这个问题可以使用递减PCR（touchdown PCR）部分地解决[1]。
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