在家雀中发现新的禽病毒
ASU教授描述并测序新的禽痘病毒
尽管在过去的几年中，对人类致病病毒的研究一直备受关注，但更好地了解病毒在其他物种中的作用机制也很重要。在一项新的研究中，亚利桑那州立大学教授Kevin McGraw和Arvind Varsani调查了亚利桑那州家雀(Haemorhous mexicanus)体内一种新的禽痘病毒（avian poxvirus）的特征和感染模式。
这是首次对家雀痘病毒的全基因组进行测序，他们的研究结果已发表在最近一期的《跨界与新兴疾病》(Transboundary and Emerging Diseases)杂志上。
众所周知，包括鸟类在内的动物的痘病毒感染通常会导致皮肤损伤(如人类的水痘)。然而，病毒的工作原理仍不清楚。这项研究是少数研究野生鸟类痘病毒感染的分子和生态学方面的研究之一。
McGraw说:“这项研究的目的是将这种表型调查与这种广泛分布的鸟类痘病毒感染的严格的分子和基因型调查相结合。”
这项研究主要集中在两个方面。首先，研究人员想要了解鸟类的哪些特征可以预测痘病毒感染。他们检查了时间(捕获日期)和生物学(包括性别、初始身体状况和年龄)方面，以及原生动物球虫寄生虫的感染程度。有趣的是，这些都不是痘病毒感染的预测因子。
McGraw说:“这是不寻常的，因为我们之前发现，年龄、雄性羽毛颜色和葡萄糖水平等变量与这些鸟类的痘病毒感染有关。”
其次，他们进行了遗传分析和系统发育比较(在其他鸟类物种中发现的痘病毒基因的比较)。我们从两只雄性家雀的损伤部位提取了DNA。采用高通量测序，一种精确测序DNA的方法，获得病毒基因组。经测定，该序列长约354,000个碱基对(A、T、G、C)。在被分析的两只家雀之间，它们的基因组有99.7%的相似性，证实了相同的和新的雀痘病毒已经被测序。最后，他们发现新测序的基因组与金丝雀痘病毒基因组相似度高达82%。确定不同鸟类之间相似的痘病毒基因是理解它们的进化和它们之间关系的关键。
在气候变化和栖息地丧失的情况下，弄清楚病毒是如何在城市家雀种群中起作用的，为了解病毒对野生动物的潜在威胁提供了宝贵的见解。该研究获得的全基因组序列在美国国家生物技术中心信息数据库的GenBank上公开，识别号为OM869482和OM869483。
Varsani说:“及时共享序列数据对于解决流行病学问题以及帮助病原体诊断、治疗和预防的快速发展至关重要。”
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