微生态学是植物病害生态防治的重要理论依据，它是由德国科学家首先提出。微生态学是一切生物体与其内环境的平衡与调整的理论总结。植物病害检测仪就是通过微生态学原理达到防治植物病害的目的。具体来说就是通过在病原微生物与植物相互作用的理论认识上，进行植物病害的防治。

植物病害检测仪的生物防治是在农业生态系统中调节寄主植物的微生物环境，使其利于寄主而不利于病原或者使其对寄主与病原物的相互作用发生有利于寄主而不利于病原物的影响，从而达到防治病害的目的。上述概念表明，人们对病害生物防治的认识已从单纯依靠颉颃性微生物来控制病原或病害，发展到借助多种因素来创立一个有利寄主而不利病原物或病害发展的生物环境，以实现防治病害。

植物微生态学是研究正常微生物种群和植物之间相互关系的科学。和植物相联系的微生物中除植物病原菌外，还有许多非病原微生物。根据植物病害检测仪的研究它们对植物的有益影响表现在两个方面：一是为植物提供营养，如菌根菌和根瘤菌；二是通过对病原微生物产生抗生作用、寄生作用和捕食作用或通过诱导植物产生抗性而减轻病害发生。

植物病害的发生从某种意义上来说是植物微生态环境的失衡，因此植物病害检测仪可以通过微生态原理对植物微生态进行平衡与调节，从而防止与治疗植物微生态病理性失调，使其有利于向植物的微生态平衡方向发展