实验方法原理 从理论上讲，前包埋原位杂交技术的敏感性高于后包埋原位杂交技术，因为前者可观察到来自整个切片厚度的信号。但是，探针并不一定能穿透整个切片厚度，特别是用较长的探针。为了增加穿透性，经常应用冻融法或者蛋白酶和去污剂处理，而这样做会导致一些胞内成分如核糖体的丢失，严重时会造成超微结构的形态改变。更不利的一个因素是如果没有强大的透性处理，就不能用较大的金交联物（>5nm) 显示杂交探针。

作为替代，可以用过氧化物酶交联和超微金交联物（<lnm)。过氧化物酶可以用二氨基联苯胺显色，但缺点是分辨率太低，且不能对反应产物定量。超微交联物则太小而不能在显微镜下直接观察到，必须通过银染増强后才能被看见（Danscher1981)，但这一过程又可能产生一些大小不规则的银颗粒，从而妨碍目标物的准确定位。而且，已有报道银染增强能对超微结构产生负面影响（Eggeretal.1994;Macvilleetal.1995)。