4. 梅拉尼生成的输出文件的上传

( 1 ) 由梅拉尼软件生成一个检测报告，并把它输出到一制表分隔的文本格式文件 ( 见注释 9)。 文件扩展名为 “ txt.  ” 。 本演示中，使用 PROTICdb  Demo,   zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件。

( 2 ) 从主菜单中选择 “ form based feeding”  →在工具栏中选择 “ spot detection(new/update)   ” 。就会出现一个带有软件列表的组合框。

( 3 ) 选择 “ MELANIE”  软件，并提交。这时出现  “ spots  detection file uploadform”  表单（图 23-4) 。

( 4 ) 按照以下顺序填写表格：

a. 数字查询系统：你可以选择一个参考名称，通常指主凝胶的名字。

b. 检测软件：选择用于执行检测的软件的名称，这里选择 “ MELANIE” 。

c. 检测方法：这里指的是用于检测蛋白点的方法，如果需要的话，你可以新建或更新一个方法（见注释 5)。

d. 凝胶成像：选择做完蛋白点检测的凝胶名称，这里选 “ DV02121001”。

e. 扫描方法：指的是用来归一化蛋白点丰度数据的方法。

f. 主胶：指明所用凝胶是否为主凝胶（或参照凝胶）。在本演示中，凝胶 DV02121001 被视为主凝胶。

g. 权力保护：目前没有激活。但是，这一项应被列入未来公开发表数据的政策中。

h. 文件：点击这个按钮可浏览本地计算机磁盘（或网络分配磁盘），选择正确的梅拉尼生成的输出文件。在本演示中，选择 “ PROTICdb  Demo,   zip ” 中获得的 “ detections/DV02121001. txt” 文件。

i. 匹配文件：仅用于非主凝胶的梅拉尼文件上传。梅拉尼匹配文件包含一张凝胶和主凝胶之间匹配实验的结果。因为它与本演示无关，留空不填。

所有必填栏目填完后，提交表单。数据库处理这个文件可能要花很长的时间，这时千万不要中断 PROTICdb。如果发生错误，根据提示更正，并重新提交 （见注释 10)。

当处理完毕，系统通过 e- mail 将成功/错误的通知发送给用户。如果发生了错误，不记录任何蛋白点的鉴定数据。要按照提示更正，并重新提交。

注明蛋白点的位置和丰度数据的凝胶成像现在可以在凝胶浏览器上显示了（见 23.3.5 , 凝胶浏览器)。

3.3 基于文件的数据库填充：从个别植物到质谱

在这个数据提交实例中，我们将看到如何提交蛋白点检测和质谱鉴定结果。首先，我们必须创建或选择一个项目 （ 见 23.3.2 ) ，之后填充关于植物、植物样品、蛋白提取、凝胶以及成像的所有信息。这些数据将用来演示数据填充的第二种方法，即基于文件的填充方法。

1. 上传 “plant2image”  文件

( 1 ) 打开 PROTICdb 主页，并登录网页。

( 2 ) 从主菜单— “project  selector” 中选择一个项目，或者创建一个新项目。

( 3 ) 选择主菜单— “file  based  feeding”  — “plant2image  ( txt 文件) ” （弹出菜单）。这时显示  “plant  to  image file  upload”  和  “gel  image file upload”  表单。

( 4 ) 在 “ plant  to  image  file  upload” 表单中选择或创建一个实验（见注释 4 ) 。

( 5 ) 从 “ plant  to  image  file  upload” 表单中检索 “ plant2image” 文件，用浏览器按钮上传。在本演示中，可在PROTICdb Demo,  zip 找到上传的 Plant2image. txt 文件。通过点击 “ here  is  the  excel template  file” 这个链接，就可以访问一个 plant2image 模板文件（见注释 11)。这个文件的每一行分成 5 个部分描述一个样品：图像，凝胶，蛋白质样品制备和凝胶上样，植物样品的采集，以及植物的描述。当填写完这些部分，选择 “tabulation-separated  text”  保存该文件。

( 6 ) 在 “Plant2image file  upload” 表单中点击 “submit” 按钮（千万不要点击第二张表单中的提交按钮）。然后用 proticdb 处理这个文件。这可能会很耗时。处理过程中不要中断处理进程。众多的测试是要确保数据的一致性使其与受控词汇相配。提交文件中的方法名称必须符合已经在数据库中描述过的方法名称（新方法必须在事前被记录；见注释 5) 。如果测试失败，系统将通过 e-mail 将错误报告的邮件发送给当前用户，不保存所有数据。这时应按照错误报告建议更正并重新提交全部文件。如果处理成功，一份成功报告也会通过 e-mail 发出。

( 7 ) 从 “ gel  image  file  upload”  到  “ image  file  format， ” 选择  “ jpg . ” 浏览您的电脑磁盘，选择与 plant2image 文件中描述的数据相对应的凝胶成像文件（见注释 8) 。JPG 格式凝胶图像必须用这个表单一张一张地上传。在本演示中，上传的 DV02041611.jpg 和 TB02052306.jpg 文件保存在 “ demo,  zip” 压缩文件中。

( 8 ) 提交 “gel  image  file  upload” 表单。