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基因组物理图谱的主要构架途径

2022.10.28

基因组物理图谱的构建不需要经过减数分裂的世代群体,可直接利用DNA分子分析,主要有以下三种构建途径:

限制性酶图谱。利用限制性内切酶构建图谱,对于DNA分子长度在50kb以下的片段,一般没有什么困难。而对于大于50kb的DNA分子,可选用稀有切点的内切酶酶切DNA。

(1)用识别较多核苷酸的内切酶,如NotI。

(2)选用其酶切位点在基因组中出现频率低的内切酶。

荧光原位杂交。荧光原位杂交技术(fluorescent in situ hybridization, FISH)是另一种物理图谱的构建方法。它通过荧光标记的探针与DNA分子杂交,使染色体上的杂交信号在显微镜下可直接观察。原位杂交中的探针可用荧光或同位素标记。染色体上出现杂交信号的位置,就是探针DNA在染色体上的图谱位点。方法是取有丝分裂中期的细胞制片,将染色体变性成单链,再讲变性的DNA探针变性后加到染色体上,保温及处理后记录结果。在FISH中,一个克隆的DNA片段就可作为杂交的探针。

序列标签位点。利用某一已知序列为标签的位点(sequence tagged site, STS)作探针,与基因组DNA杂交,绘制物理图谱。作为STS,需要具备两个条件:一是其序列是已知的,以便用PCR检测;二是在基因组中仅一个位点,没有重复。


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