环孢素可用于治疗急性或慢性GVHD，可单独或在原有糖皮质激素的基础上加此药，其用法为每日2～3mg/kg分2次口服，待病情稳定后缓慢减药。对肝移植手术时，为预防发生GVHD，应给予他克莫司（tacrolimus），其用法为每日0.1～0.2mg/kg，分2次口服，在术后6小时开始应用。对肾移植的患者用他克莫司的用法，为每日0.15～0.3mg/kg，分2次口服。局部外用他克莫司、吡美莫司治疗皮疹有效。其他如甲氨蝶呤，麦考酚酸酯，糖皮质激素，硫唑嘌呤，沙利度胺等免疫抑制剂或免疫调节剂也可用来阻止发病。可使GVHD的发生率降低。有报道称，PUVA单用或与甲氨蝶呤合用，治疗慢性GVHD有效。阿维A对慢性GVHD的硬皮病样皮损有效。急性GVHD可用抗胸腺细胞球蛋白，其用量一般成人每日15～30mg/kg，通过大静脉滴注。治疗GVHD的重点是预防，尽量减少发生GVHD的危险因素。对免疫缺陷或免疫抑制者输血或血制品时，要先经放射线照射后再应用。针对细胞因子的单克隆抗体、丙种球蛋白注射、体外光分离置换法（extra‐corporeal photopheresis）、免疫毒素、受体拮抗剂等，有些已经用于临床，或将来可能用于临床。