原核和真核生物mRNA的二级结构与功能的关系
a-鹅膏蕈碱：抑制真核生物RNA聚合酶。
通常mRNA（单链）分子自身回折产生许多双链结构（ [噬菌体M RNA中成熟蛋白] RNA中成熟蛋白" class=image>[编码区的二级结构及外壳蛋白的起始密码子AUG的位置]）。原核生物，例如M 噬菌体RNA外壳蛋白编码区，经计算有66.4%的核苷酸以双链结构的形式存在。M RNA能翻译4种蛋白质，但效率各不相同。在通常条件下翻译外壳蛋白（其编码区在成熟蛋白的下游）的效率高于成熟蛋白的效率。但用甲醛处理M RNA破坏二级结构后，则翻译成熟蛋白的效率提高。图2[噬菌体M RNA中成熟蛋] RNA中成熟蛋" class=image>[白编码区的二级结构及外壳蛋白的起始密码子AUG的位置] 中外壳蛋白的起始密码子 AUG(1335～1337）通常处于环（Loop）的顶端，暴露在外面，因而易于与翻译的启动因子结合而进行翻译。成熟蛋白的编码区尽管处在外壳蛋白的前面，但其起始密码子GUG(130～132）却埋在二级结构之中，故翻译效率低，只有将二级结构松开（如甲醛处理）之后才能被翻译。可见mRNA分子的二级结构对翻译蛋白质的效率有很大影响。
真核生物mRNA也具有丰富的二级结构，如鸭珠蛋白mRNA和兔珠蛋白mRNA分别有45～60%和55～62%的核苷酸残基处在碱基配对之中。在真核生物蛋白质启动复合物中，40S核糖体实际上覆盖着mRNA上包括帽子结构在内的50～54个核苷酸，但是40S核糖体的大小比50个核苷酸的长度小得多 由于形成的发夹结构（二级结构使帽子与起始密码子之间的空间距离缩短）（[真核生物mRNA ]），造成40S核糖体能够覆盖包括帽子结构和起始密码子 AUG在内的50多个核苷酸，从而启动蛋白质合成。不同的mRNA中发夹结构的有无或多少各不相同。在蛋白质合成肽链继续延伸时，不需要帽子结构参加，此时核糖体覆盖的mRNA的区域约为25～35个核苷酸，mRNA的构象已不同于启动阶段而是处于一种伸展的状态，从而有利于转译的延续。可见，折叠起来的mRNA二级结构有利于蛋白质合成的启动，以后mRNA处于伸展的状态则有利于转译的继续。
