Sanger研究所测序3,000种危险细菌
对于人类而言，细菌扮演着多重角色，有时是亲密的伙伴，有时是致命的敌人。英国著名的Wellcome Sanger研究所近日与Pacific Biosciences（PacBio）合作，测序了3,000多种细菌的基因组，其中包括一些世界上最危险的细菌。
这些细菌是由英国国家菌种保藏中心（NCTC）保藏的，包括引起瘟疫、痢疾和霍乱的细菌和250多种大肠杆菌。通过解码DNA，研究人员能够更好地了解细菌引起的疾病以及它们如何形成耐药性。这些公开的基因组图谱也有助于人们开发新型的诊断检测、疫苗或治疗方案。
目前，抗生素耐药性是全球的一个重大问题。一些耐药性细菌引起了严重疾病，包括全球十大死因之一的结核病，仅在2016年就感染了1040万人，并造成170万人死亡；每年感染7800万人的淋病，现在变得很难治疗。
同时，NCTC也收集了著名的超级细菌——耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的样本，这种细菌耐受多种抗生素。这些菌株的遗传学研究将有助于研究人员了解抗生素耐药机制。
此外，NCTC还保藏了很多有历史意义的菌株，包括青霉素发现者Alexander Fleming存放的16株菌株，其中一个样本是从他的鼻子中获得的。还有一株引起痢疾的福氏志贺菌（Shigella flexneri）是从一战的士兵身上分离出来的。
流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae），从Alexander Fleming的鼻子中获得
研究人员对该中心保藏的所有“标准菌株（type strain）”进行了测序。这些宝贵菌株的基因组序列将有助于人们开发新方法来鉴定感染，包括在现场快速诊断细菌感染，以便确定疾病爆发的源头并帮助控制感染。
Sanger研究所的Julian Parkhill表示：“NCTC的菌种保藏对于了解现在的病原体意义重大。准确地了解抗生素和疫苗引入之前和之后的细菌，并将它们与现在的菌株进行比较，将让我们了解它们如何应对治疗。反过来，这也帮助我们开发新型的抗生素和疫苗。”
“PacBio全面的DNA测序实现了深入的基因组分析，我们很高兴与他们合作开展这一重要项目，”他补充道。基于新颖的单分子实时（SMRT）测序技术，PacBio的测序仪带来了超长读长，无需PCR，无GC bias，在测序的同时可直接检测碱基修饰等，广泛应用于从头测序、全长转录本测序、靶向测序、表观遗传学和宏基因组等多个领域。
PacBio的首席科学官Jonas Korlach表示：“SMRT测序所带来的高质量基因组图谱让人们对这些细菌有了前所未有的了解。我们很高兴能被Sanger研究所等机构选中，为科学界和公共卫生界创造了如此重要的资源。”
