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蛋白质序列分析和结构预测实验

2019.3.29
实验步骤

1.  人脂联素蛋白质序列的检索

(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);

(2)在Search后的选择栏中选择protein;

(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;

(4)点击go后显示序列接受号及序列名称;

(5)点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息;

(6)将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列);
 
2.  使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析

打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成。

或者选择protein后,点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平。
 
3.  人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析

(1)进入NCBI/Blast网页;

(2)选择Protein-protein BLAST (blastp) 

(3)将FASTA格式序列贴入输入栏;

(4)点击BLAST;

(5)查看与之同源的蛋白质。
 
4.  人脂联素蛋白质序列的motif结构分析

(1)expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入,或直接输入网址(http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)进入网页;

(2)将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏

(3)点击Scan;

(4)查看分析结果(注意Prosite Profile中的motif information)。
 
5.  人脂联素蛋白质序列的二级结构预测

(1)可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入,或直接输入网址(http://www.predictprotein.org/)进入;

(2)进入predictprotein页面后,先register(注册);

(3)然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏,submission(提交)所要分析的蛋白序列;

(4)从email信箱查看分析结果。
      
PHD predictions结果

PROF predictions结果
 
6.  人脂联素蛋白质序列的三维结构预测

(1)进入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html (SwissModel First Approach Mode)网页;

(2)选择Automated mode (自动模式);

(3)进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称,将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏,点击“submit modeling request”后,等待结果。

(4)从email信箱查看分析结果。

展开 
注意事项

1.  需下载软件入rasmol查看三维图象。

2.  有时结果比较快,会马上有结果发到E-Mail,通过E-Mail链接即显示结果页面。但有时候比较慢。

其他

一、作业

1.  提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果。

2.  相互对比结果,说明产生不同结果的原因,总结进行上述分析所需注意的关键事项。


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