真核细胞型微生物包括了真菌、真核藻类和原生动物。真菌的种类极多，是微生物中的一个庞大类群，据统计，真菌约有12万多种。真菌的菌体为单细胞或多细胞的分枝丝状体，或为单细胞的不分枝的个体。真菌细胞中没有光合色素，不能进行光合作用。真菌包括了单细胞的酵母菌、单细胞或多细胞的丝状霉菌以致产生子实体的蕈菇。

　　原核和真核微生物代谢产物是目前临床应用上具有重要价值的药物，几乎在各种疾病治疗领域都能发现这些药物的身影。1929年，英国细菌学家Fleming发现了青霉素，随后由Florey和Chain将青霉素用于疾病治疗并取得惊人的效果，这标志着抗生素时代的到来。1942年，美国科学家waksman发现链霉素并很快将其用于临床。随后，科学家又从微生物次级代谢产物中发现了一大批目前还一直于临床的抗生素(如庆大霉素、卡那霉素、红霉素、螺旋霉素、麦迪霉素和林可霉素等)以及一大批半合成β内酰胺类抗生素和其他类别的半合成抗生素，基本上控制了细菌感染性疾病，使人类的平均寿命延长了15年以上。