又一国产高分数据库，堪称lncRNA神器
之前我们介绍了好用的CRN数据库，可以在线分析差异表达lncRNA并绘制与差异mRNA联系的网络图。那么有没有能直接出lncRNA与预后相关的生存曲线图的工具呢？答案当然是有的！这次我们就一起来看一下这个数据库！
lnCAR数据库（https://lncar.renlab.org/）是由中山大学的学者开发，相关文章（PMID: 30786995）于2019年4月发表在Cancer Research杂志（2019IF=9.727）上，截至2021-02-02该文章已引用6次（数据来源：PubMed ）。
从标题我就能知道该数据库的数据来源是芯片，这也意味着该数据库做出的图可以直接和TCGA、oncomine等数据库相互印证。下图展示了lnCAR数据库所使用到的所有资源信息及其链接。
目前，lnCAR数据库收集整理了来自GEO数据库中的10种肿瘤（膀胱癌、乳腺癌癌、宫颈癌、结肠癌、食管癌、胃癌、肝癌、肺癌、卵巢癌和前列腺癌）的52306个样本的差异表达分析和12883个样本的生存分析。
下图汇总了该数据库目前的各个癌种的差异分析和生存分析的样本数。通过这个数据库，我们可以快速查阅感兴趣lncRNA在不同癌症、不同条件的差异表达情况以及生存预后信息。
在lnCAR数据库中，开发者们系统地收集了GEO数据库中上述的10种肿瘤下相关数据，包括与肿瘤状态、分级、分期、转移、治疗、生存期等相关临床参数的数据。开发者们只保留有明显临床信息的样本，并对芯片数据进行重注释和表达值的标准化，之后再进行差异表达分析和生存分析。
开发者们将差异表达分析分为以下几种情况：癌症与正常对照组、高分期与低分期、高分级与低分级、转移与原发性、药物治疗与对照组以及其他特征。其他特征指的是肿瘤特异性特征，如乳腺癌中的雌激素受体、孕激素受体和HER2状态；肺癌和食管癌中的吸烟和饮酒状态。开发者们用limma包进行不同条件下的差异表达分析。
开发者们收集的生存数据包括：总生存率（OS）、无复发生存率（RFS）、无转移生存率（MFS）和无进展生存率（PFS）。开发者们是用survival包来进行生存分析的。
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