FⅨ的缺陷和分子结构异常是血友病乙的根血友病乙理生理改变。

　　1.FⅨ的结构和功能 成熟人类FⅨ是由415个氨基酸残基组成的单链糖蛋白（牛FⅨ为416个氨基酸） 分子量为55000，其中约20%为糖类，在肝细胞内合成。在FⅨ修饰分泌过程中，释放28个氨基酸的信号肽和18个氨基酸的前肽，FⅨ是维生素K依赖因子之一，与其他维生素K依赖因子比较，其氨基酸顺序和功能区结构存在惊人的相似性。从N-末端开始，FⅨ由4个功能区 即r-羧基谷氨酸区（G1a区）、表皮生长因子样区（EGF区）、激活肽区和催化区。

　　Gla区内有12个谷氨酸残基，在维生素K存在的情况下，经羧化酶作用成为r-羧基谷氨酸，FⅨ与钙离子连接并通过钙桥与磷脂表面的连接功能与此有关。

　　EGF，区包括EGF1和EGF2，近来认为EGF1在FⅨ被FⅦa和组织因子复合物激活时以及FⅨ与FⅧa形成复合物，激活FX时均起着重要作用。激活肽区含35个氨基酸残基，即丙氨酸146-精氨酸180肽段 在FⅪa或FⅦa和组织因子复合物作用下，FⅨ在精氨酸145-丙氨酸146肽键和精氨酸180-缬氨酸181肽键2个位点先后裂解，释放上述35个氨基酸的酸性肽段。FXa也能裂解这2个位点。生成的活性FⅨ称为FⅨaβ，形成N-末端的酪氨酸1-精氨酸145轻链和C-末端的缬氨酸181-苏氨酸415重链，轻链和重链在半胱氨酸132-半胱氨酸289处以二硫键相连接。

　　FⅨ存在另一条非生理性的激活途径 Russell蛇毒蛋白仅裂解上述第2个位点，不释放肽段，也有生物活性，称为FⅨαβ。因而第二个位点的裂解是FⅨ激活必不可少的，仅第1个位点裂解无生物活性。催化区相当于FⅨa的重链，具有典型丝氨酸蛋白酶拥有的催化三联体，在FⅨ的位点为组氨酸221、天门冬氨酸269和丝氨酸365。激活的因子Ⅸ（FⅨα）在辅因子FⅧa 钙离子和磷脂存在时激活FX 。

　　2.FⅨ基因和基因缺陷 FⅨ基因位于X染色体长臂末端（Xq27） 基因长34kb，包括8个外显子和7个内含子，其mRNA长2.8kb。血友病乙的基因缺陷已有许多报道，包括点突变 框架移位 缺失、插入和其他导致FⅨ蛋白质结构和功能改变的异常。已有400多种基因缺陷导致血友病乙，分布于FⅨ的各功能区，表1示FⅨ各功能区在1996年前已知的不同突变的数目。表2列出了一些已知的FⅨ基因内的突变。约30%以上的突变发生在CPG二核苷酸序列，包括C→T、G→A转换，常影响精氨酸残基产生功能障碍的分子，也可以产生终止密码而形成无意突变，特别有兴趣的是发生在5′启动子区导致FⅨ Leiden的突变，其表型血友病在出生时或儿童早期FⅨ：C和FⅨ：Ag均很低，但在青春后期逐渐上升到60%以上