过去由于内镜不能接近并取出嵌顿在胆囊颈的结石，因而不适于解剖功能综合征的治疗。但随着内镜套管器械和技术的进步，内镜治疗解剖功能综合征也取得了一些进展。England等应用内镜治疗了25例解剖功能综合征，治疗目的是取出结石、缓解黄疸。行内镜下乳头切开术后引流胆汁，利用网篮取石、球囊扩张、机械取石、体外碎石、溶石治疗。对结石不能取尽者可采用支架管治疗。一些不适应于外科手术的病人，支架管可成为长期治疗手段。

　　对于嵌顿结石用一般机械碎石无效的病例，采用电子液压碎石（electric hydraulic lithotrity，EHL）、激光介导震波碎石（laser-induced shock wave lithotripsy，LISL）等方法，可取得满意的疗效。Binmoeller等在ERCP指导下利用EHL治疗14例解剖功能综合征，将所有嵌顿结石（1.0～3.0cm）全部取出，除1例直径3.5cm的结石因局部坏死术后出现胆瘘外，余无并发症。但EHL可引起胆管损伤，应在胆道镜监视下由有经验的医师操作。