全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（一）
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”发表在著名学术期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下来，就一起来看下研究人员是如何利用高通量测序技术RNA-seq和大规模shRNA文库技术揭示circRNA在局限性前列腺癌中表达特征和生物功能的。
文章导读：
前列腺癌是人类特有的疾病，在欧美是男性最常见的恶性肿瘤之一，在美国前列腺癌发病率占第1位，死亡率仅次于肺癌。加拿大多伦多大学的研究者首先选取了144例有详细临床信息的前列腺癌样本，进行全转录组测序（RNA-seq），共识别鉴定了7千多个circRNA分子，经生物信息学分析显示，这些circRNA的表达特征与前列腺癌侵袭转移特性密切关联，随后采用大规模shRNA文库技术进行敲除验证，发现其中约11.3% circRNA是前列腺癌细胞增殖特性密切相关，并且这些circRNA来源基因的线性转录本不影响细胞增殖，表明circRNA特殊的功能。最后研究人员重点关注前列腺癌显著相关的circCSNK1G3，揭示circCSNK1G3可以与miR-181相互作用调控细胞增殖发挥，有别于现阶段研究较多的circRNA海绵机制，该circRNA在前列腺癌中稳定了miR-181的活性，这一发现提供了circRNA全新的研究思路。
研究内容：
1. 局限性前列腺癌的表达谱分析
作者通过全转录组测序（云序生物提供此项服务）技术，对144例前列腺癌标本进行转录组分析，以图片的形式展示总RNAs (n=38,359) 和高丰度技术，对144例前列腺癌标本进行转录组分析，以图片的形式展示总RNAs
(n=38,359) 和高丰度RNAs
(n=18,152)在各样本中的分布，并且对每个样本中高丰度的RNA进行聚类分析，以展示个样本间的差异。通过融合基因分析，大量的融合基因转录本被识别，超过10%的SU2C转移性转录组发现复发融合，揭示了融合基因与侵袭性局限性疾病有关。
2. 局限性前列腺癌环状RNA表达谱
作者使用CIRCexplorer共鉴定识别到了76311个circRNA分子，其中还包括62个融合基因来源的circRNA分子，并且通过RNase R和扩大样本量对高可信度环状RNA分子进行验证。找到组织细胞特异性表达的环状RNA，以及它们在不同组织类型中表达模式；通过circBase数据库的环状RNA进行前列腺疾病相关分析，同时对环状RNA对应的亲本基因来源的线性转录本进行分析，探讨circRNA与线性RNA的相关性。
