现在质粒提取无论手提还是试剂盒，其根本原理大多还是碱裂解法：当菌体在NaOH和 SDS溶液中裂解时，蛋白质与DNA发生变性，当加入中和液后，质粒DNA分子能够迅速复性，呈溶解状态，离心时留在上清中；蛋白质与染色体DNA不变性 而呈絮状，离心时可沉淀下来。
进一步的质粒DNA获取，手提是经过苯酚、氯仿抽提，RNA酶消化和乙醇沉淀 等简单步骤去除残余蛋白质和RNA以及过多的盐分，而试剂盒则在此基础上使用DNA吸附柱来吸附质粒DNA，在洗脱得到质粒。
评价：1，可通过琼脂糖电泳来检查所获质粒的大小（准确大小需酶切），有无细菌基因组DNA和RNA污染，以及质粒的断裂多少，同时也可根据marke量对样品进行大致的浓度定量；
2，通过紫外分光光度计测定样品OD280和OD260，计算其比值来衡量样品的纯度。经验值：纯DNA：OD260/OD280≈1.8(＞1.9,表明有RNA污染；＜1。6，表明有蛋白质、酚等污染）。同时，用紫外分光光度计对其进行精确浓度定量。
去除蛋白质：如上所言，提取质粒过程中，一部分蛋白质会在碱裂解法中形成沉淀，得以去除；还有更多不能形成沉淀的蛋白质在用酚/氯仿/异戊醇进行抽提的过程中被去除。