[挖个坟] Omicron的毒力之谜，谜底终于揭晓
各位，话说去年12月1号，
也就是Omicron刚刚面世一周的时候，
咱公众号发过一篇文章，
请见：《请各位稍安勿躁，不要抢跑……》;
然后到了2022年1月1日，
咱又写了个后续，
请见：《Omicron的毒力之谜》。
剪断截说，上边第一篇文章，
针对的是当时一个很不正常的情况：
Omicron(BA.1)在2021年11月24日才正式现形，
短短一周之后的12月1号，关于它的一切数据都还没有实锤，也不可能那么快就拿到实锤。(以上数据包括但不限于：传染性、指数增长率、毒力、病死率、续发率、潜伏期、代际间隔、序列间隔、免疫逃逸能力、疾病表型等等)。
但当时市面上，却已然出现了漫山遍野的“MILD”论调。
所以那篇文章正如标题所述，
就是号召大家冷静冷静，不要抢跑~
随意抢跑容易被人卖了还帮人数钱。
然而很遗憾，咱作为一个关注人数还不到十万的匿名公众号，
影响力显然不足以扭转这股子反智狂潮，
“MILD”这个刻板印象毫不意外地建立了起来。
于是一个月之后，眼看着大伙儿抢跑抢得不亦乐乎，
咱忍不住跟着跳下场抢跑了一把，
捣鼓出第二篇文章。
第二篇汇总了当时市面上已有的一些初步数据，
针对Omicron(BA.1)的毒力、致病性、传染性等参数，吃了几口不太熟的瓜。
总结总结就是：
Omicron(BA.1)的内生毒力(以入院风险计)比Delta低30%左右;
Omicron(BA.1)的内生毒力(以入院风险计)强于原始株，也强于直接祖先B.1.1，甚至略强于同属B.1.1子毒株的Alpha;
Omicron(BA.1)病死率和重症风险减低的原因，主要是疫苗接种和既往感染史，而不是内生毒力转变;
Omicron(BA.1)在肺部复制效率降低的原因，主要是组织嗜性转变，因此不能只凭肺嗜性来评估致病性;
Omicron(BA.1)内生传染性(以R0计)和Delta相仿;
Omicron(BA.1)相对Delta更有传播优势的原因，主要是免疫逃逸能力和代际间隔。
说实话，吃生瓜这种事儿，
咱还真不是太拿手，
所以当时的心情是略为忐忑的，
毕竟上述某些说法，
和市面上的主流论调完全相悖~
特别是“内生毒力强于原始株/B.1.1/Alpha”这一条，
说是冒天下之大不韪也不为过~
并且吧，由于全球范围的集体拉胯，
Omicron的内生毒力，迟迟没法拿到实锤~
虽然关于Omicron入院风险、重症风险、病死率等方面的研究可以说多如牛毛了已经，
但由于某些众所周知的拉胯原因，
绝大多数这类研究都没有好好地控制既往感染史，
也不可能控制既往感染史，
所以在这种情况下，Omicron的毒力必然是被显著低估的~
直到……香港也跟着拉胯了。
长话短说，
随着香港第五波疫情熬过高峰期，
港大的总结性paper终于低调登场了，
关于Omicron内生毒力的实锤，似乎终于可以落地了。
——请品鉴：
标题翻译成人话：
新冠病毒Omicron BA.2子毒株在香港的感染流行病学研究，2022年1-3月
虽然还只是新鲜出炉的预印本状态，
但有港大梁老师和Cowling老师等各位大佬坐镇，
想必数据质量是有保障的。
至于为啥咱对之前多如牛毛的那些研究看都不看，
偏偏要拿港大这个预印本说事儿呢?
原因很简单，在第五波之前：
香港是全球极少有的，全民几乎没有感染过新冠病毒的处女地;
同时，香港还拥有不少未接种人口。
所以咯，香港的Omicron毒力/致病性数据，
是截至目前独一无二的，
几乎不受既往感染史污染的数据，
所以也就是最接近病原体内生状态的数据。
(当然了，还是有一丢丢不足……短命的BA.1消失得实在太快，香港给出来的，已然是以BA.2.2为主的数据~)
——总之，请品鉴：
红框部分翻译成人话：
虽然Omicron在动物模型实验中表现出了更低的致病性，并且在南非以及其他地区表现出了更低的重症风险，但是，我们发现在香港第五波的早期阶段，Omicron在未接种疫苗的人群中造成了与之前几波相仿的病死率。因此BA.2的内生重症风险也许并没有显著低于原始株，或者完全不低于原始株。总结总结啊，
梁老师他们一步到位，直接用了实锤程度最高的病死率来表征BA.2的内生毒力;
至于为啥只用“第五波早期阶段”的病死率?因为香港第五波早期阶段的确诊门槛和前面四波完全一致。但由于疫情糜烂，检测能力所限，第五波中后期的确诊门槛有所拔高，因此可能会影响病死率;
所谓的“前四波”，详见下图，以Alpha为主，也包括其他早期毒株(见下图);
梁老师他们还提到，第五波早期阶段除了BA.2.2之外，还夹杂了少量的Delta(详见：《香港，仓鼠的末路》)，所以Omicron的病死率可能有少量高估;
不过梁老师他们没提到的是，前四波除了原始株和Alpha之外，也夹杂了少量的Beta和Mu，所以病死率可能也有少许高估。
——总之，前四波大概是这么个造型，请品鉴：
——第五波则是这么个造型，请再品鉴：
重申一句，为了避免不受控爆发期对病死率的影响，
梁老师他们只选取了红框部分的死亡人数，
作为Omicron代表队出面和前面四波PK。
——最后结果，请品鉴(可能需要点开大图)：
以上绿色数字和黄色数字，分别是前四波的病死率和第五波未完全接种病例的病死率(已根据年龄分层)。
所以在没有既往感染史和疫苗拉偏架的情况下，
第五波的病死率，在六个年龄组当中的三个都高于前四波。
并且吧，严格来说第五波的病死率，还是被疫苗拉了一点偏架。
毕竟梁老师他们只排除了“完全接种”的病例，
而在第五波早期，香港还有全人口7%左右已经部分接种，
这7%的第一针，显然也能降低一丢丢病死率~
——总之，咱换个角度品鉴：
以上纵轴是病死率，横轴是年龄分层;
蓝色圆点=前四波死亡病例、
红色三角形=第五波未完全接种的死亡病例，
绿色菱形=第五波已完全接种死亡病例。
——所以显而易见，最终结果正如咱1月初抢跑的一样：
惊不惊喜意不意外?
并且吧，以上结果的焦虑之处就在于，
我们已经知道，
Omicron它真的有好几项可能导致减毒的机制，
比如更低的肺嗜性，
比如更低的FCS酶切效率，
再比如更低的合胞效率。
可是梁老师带给咱们的最终实锤结论却是：
这玩意儿内生毒力跟原始株/Alpha打成平手(实际上还略高一丢丢)……
那么它到底靠什么咱们不知道的机制弥补回了毒力?
(卖个关子，过两天详细八卦)
最后，梁老师他们这个预印本的主要卖点，
其实并不是香港第五波早期阶段的病死率，
——而是这个：
翻译成人话：
BA.1的中位数序列间隔3.15天、中位数代际间隔2.38天;
BA.2的中位数序列间隔2.17天(代际间隔没算出来)。
——作为对比：
在2021年5月份广州疫情期间，Delta的中位数代际间隔和序列间隔都是3天~
以上预印本原文请见：
Epidemiology of infections with SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant in Hong Kong, January-March 2022
Yonatan Mefsin, Dongxuan Chen, Helen S. Bond, Yun Lin, Justin K. Cheung, Jessica Y. Wong, Sheikh Taslim Ali, Eric H. Y. Lau, Peng Wu, Gabriel M. Leung, Benjamin J. Cowling
medRxiv 2022.04.07.22273595;
doi: https://doi.org/10.1101/2022.04.07.22273595
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