氨肽酶作为一种蛋白酶，广泛存在于不同物种的生物体中，包括哺乳动物、植物、微生物等。在动物体内，日本学者 Akihiro okitani 首次从兔子的骨骼肌中分离出一种具有氨肽酶活性的蛋白水解酶，并命名为“BANA hydrolase H”。在此之前，我国学者梅传生等首次报道了一种植物来源的氨肽酶，并对该酶在水稻叶片衰老过程中的变化进行了研究。随着人们对氨肽酶研究的深入，越来越多的动植物来源的氨肽酶陆续被报道。

由于动植物体内成分复杂、氨肽酶含量较低，导致提取成本较高。随着酶制剂行业的快速发展，为满足市场需求，利用微生物发酵法生产酶已成为当今的主流趋势和研究热点。1935 年，Johnson 等在对寄生曲霉所产的酶进行分析时首次在微生物中发现了氨肽酶。报道的产氨肽酶的微生物种类繁多，主要分为两大类：一类是真核微生物，包括毛霉属、青霉属、曲霉属、酵母科等；另一类是原核微生物，包括假单胞菌属、乳酸杆菌属、芽孢杆菌属、放线菌等