微卫星技术(micro satellite， MS)
微卫星DNA又称短串联重复序列(short tandem repeats， STR) 、简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)，指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列，广泛存在于真核基因组中，多数以2～6个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。
1974年，Skinner 在寄居蟹中发现了卫星DNA的重复序列(TAGC)n。1981 年， Miesfeld 等从人类基因文库中发现了微卫星DNA。随后人们发现这种简单重复序列在真核 生物 中广泛存在。Tautz和Renz(1984)发现这种短的重复是真核基因组独有的，并称之为“简单重复”。后来Litt等(1989)在心肌肌动蛋白的基因内扩增了一种二核苷酸重复，首创“微卫星(microsatellite)” 这个名称。Edwards等(1991)所谓的SSR是上述命名的连续。
1 原理
SSR标记分析的基本原理是利用某一SSR两翼区域特定的DNA序列，来设计位点专一的一对引物，在PCR仪上扩增单个SSR位点，通过电泳，进行SSLP分析，在此基础上进行相应的遗传分析。
2 实验流程
从有关数据库（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查询
↓
构建基因组文库,筛选SSR位点→获得引物 ← 使用近缘种的引物
↓
PCR扩增
↓
凝胶电泳
↓
数据处理
3 特点
优点：SSR在真核 生物 基因组中分布广、多态性丰富；其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大；SSR通常为显性标记，呈孟德尔式遗传，具有很好的稳定性和多态性，DNA用量少，技术要求低，成本低廉，PCR扩增的可重复性高。｡
缺点：开发和合成新的SSR引物投入高、难度大；现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的功能基因，不能构建饱和的SSR遗传图谱；SSR多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR扩增的效果；SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等。
4 应用
SSR可用于构建遗传图谱，遗传标记选择，建立DNA指纹，用于品种鉴定，或是利用标记辅助选择，加快育种速度等。另外，SSR标记还有其它的用途。如用于基因定位、QTL分析、系谱分析、亲源关系鉴定、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性研究等。
