简单来说，亲和层析利用流动相和固定相内不同生物分子之间相互作用强度的差异来分离物质。

　　通常，在开始亲和层析前需要预先进行全细胞提取物的粗制，例如细胞裂解液，生长培养基或血清。

　　首先将固定相装入带有流动相的色谱柱中，其中含有某类特定的生物大分子（从DNA到蛋白质，取决于实验需求）。等待一段时间使两相充分混合，随后将洗涤缓冲液倒入色谱柱中。洗涤缓冲液通过破坏非目标生物分子与固定相的较弱结合来去除非目标生物分子。目标生物分子对固定相具有较高的亲和力，因此能够保持与固定相的结合，而不会被洗涤缓冲液冲走。然后将洗脱缓冲液倒入含有剩余目标生物分子的色谱柱中。洗脱缓冲液比洗涤缓冲液，能够从更大程度上减弱靶生物分子与固定相之间的相互作用，从而洗脱靶生物分子。洗脱得到的溶液包含洗脱缓冲液和目标分子，称为洗脱液。

　　固定相一般是凝胶基质，常见的有琼脂糖。为了防止目标分子与配体结合过程中的空间干扰或重叠，首先将含有烃链的抑制剂连接到琼脂糖珠（固体支持物）上。这种具有烃链的抑制剂通常被称为琼脂糖珠和靶分子之间的间隔基。

　　免疫亲和层析最常见的用途是纯化重组蛋白。免疫亲和层析是从粗混合物中纯化蛋白质或核酸的第一步的绝佳选择。如果蛋白质的分子量，疏水性，电荷等未知，亲和色谱法仍可适用于这种情况。一个典型例子是尝试分离具有特定活性的酶时，可以用与所选底物相似或相同的连接配体构建亲和柱。