千年基因总部助力韩国人胃癌基因组及转录组研究
千年基因总部Macrogen助力研究者完成了韩国人胃癌基因组及转录组微卫星突变的研究，该研究的基因组和转录组测序于Macrogen通过ISO9001 & ISO13485 & CLIA认证的国际最高质量标准的大型基因组学实验室完成，研究成果于6月4日发表于Genome Research。
微卫星不稳定性(Microsatellite instability, MSI)是肿瘤发生过程中导致基因变异的关键因素之一。为了对微卫星(MS)突变进行全面的研究，研究者对韩国人胃癌细胞系及原发胃癌组织相关的基因变异进行了比较基因组学和比较转录组学研究。首先对18个人胃癌细胞株进行转录组测序，并对其中6个细胞株(包括三个微卫星不稳定细胞株以及三个微卫星稳定细胞株)进行全基因组测序。其次，对另外16对来源于胃癌患者体内的胃癌原发组织及癌旁组织进行了转录组测序。全基因组测序每个样本的数据量约100Gb，平均测序深度为34.9×，基因组覆盖率为98.9%。转录组测序平均每个样本的数据量为4.7Gb，可用数据约为47M条reads，比对率约为 87.4%。
通过对结果的分析，在基因的编码区和非翻译区共发现18,377个MS突变，由于小于6重复碱基的MS变异非常少，研究者首先对5个或更多的重复碱基MS突变进行了统计分析，发现绝大多数(98.9%)InDel均发生在非编码区，包括基因间区域、内含子区域、非编码RNA和小RNA区域等，这一情况在MSI-H(高度微卫星不稳定)和MSS(微卫星稳定)上都有发生。然后作者对MS缺失突变在所有样本的基因组和转录组上的分布进行了一个统计，从结果图上可以看出，MSI-H和MSS细胞系在MS变异分布模式上有着很大的差别，但他们还是具有约27.2%相同的MS突变。除此之外，MS突变与表达差异的整合分析发现了与UTR区MS突变相关的139个基因的表达量发生了显著下调。这一分析结果表明韩国人 MSI-H胃癌组织中的相关变异基因要远远多于以往的报道结果，该研究完善了MSI-H胃癌的基因变异多样性并为微卫星不稳定性胃癌的基因组不稳定性机制提供了一些线索。
