倒置显微镜和正置显微镜的性能比较
区别1：外观区别
正置显微镜的物镜在载物台上方，透射光源在下方；而倒置显微镜物镜在载物台下方，透射光源在上方，从外观上可以很容易区分两者。
区别2：物镜光学校正不同
正置显微镜的物镜是为很薄的盖玻片校准的，镜身相关标记是0.17之类很低的数值；倒置显微镜是为较厚的载玻片、培养皿底部校正的，镜身相关标记会是1以上的数值。两者物镜因此无法通用，可以据此区分正置显微镜和倒置显微镜。
区别3：物镜工作距离不同
倒置显微镜通常用于观察溶液中的被检物，如培养液中的细胞，为了对焦溶液中的悬浮物，倒置显微镜的物镜工作距离会比正置的大。
区别4：放大倍率差异
正置显微镜可以选择100X物镜，搭配10X目镜实现1000X高放大倍率；倒置显微镜的物镜放大倍率只有60X，这是因为在100X时物镜几乎是贴着样品的，这个工作距离已经小于容器底部厚度，也就是说在对焦成功前物镜就已经撞上容器底部了，根本不可能对焦。
区别5：倒置标配相衬观察
倒置显微镜常用于无色透明的活细胞观察，因此标配相衬环和相衬物镜以实现相衬观察，通常会有4X、10X、20X和40X四种放大倍率，还会有相衬物镜。正置显微镜要做相衬观察的话需要特殊的聚光镜配件，因此相衬的正置显微镜并不常见，而且标配物镜不包含相衬物镜。
区别6：样品高度限制小
倒置显微镜的聚光镜采用长工作距离设计，部分还可以额外加高，以适应更高的样品，比如MI52-CF加高了聚光灯，可放下10层细胞工厂。
另外部分倒置显微镜还可能取消上光源，以解除样品高度限制，比如MJ42金相显微镜，采用倒置的反射照明，没有上光源，可以很方便地直接放置观察大尺寸的金属材料样品，减少制样的麻烦。
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