微流控技术的出现为生命分析面临的三大特殊挑战（要求在特别小的空间，特定的时间，特定的外界条件进行物质定性、定量、结构分析、形貌分析等工作）提供了有力的操控工具。

但作为一种新兴技术，它也面临着诸多问题亟待解决：

√ 产品缺乏相应的标准化和规范化：目前还没法实现组件（配套使用的试剂，核心的微流控芯片，芯片驱动平台，光电检测模块，信号处理模块以及人机交互的软件系统等）的通用化；

√ 人才不足：微流控产品结合了微机电加工、生命科学、化学合成、光学工程及电子工程等许多领域，多学科交叉人才、企业研发人员、专业化市场人员严重不足；

√ 生产成本高：对于微流控免疫分析芯片来说，其面临的最大问题是分析芯片都是一次性使用，不能充分发挥微流控分析平台可多次使用的优点，导致检测成本升高，在目前加工条件下，一块供研究用的标准玻璃芯片价值可能在几十到上百美元之间；

√ 技术平台的难题：1）非均相微流控免疫分析芯片中如何将抗体固定在微通道的表面但不引起抗体的构相改变而导致活性降低2）如何将微通道表面进行封闭从而阻止限制蛋白和小分子物质的非特异结合引起的灵敏度下降3）如何将微流控芯片与外围设备如自动分析、显示设备等的集成化。