蛋白酶种类繁多,形制上差别较大,但同一类的蛋白酶之间,亦有其共同之处。蛋白酶的基本性质如下：

　　(1)从蛋白酶活性中心的基团来看,丝氨酸蛋白酶的活性中心均含有丝氨酸；巯基蛋白酶活性中心含有半胱氨酸；羧基蛋白酶活性中心含有酸性氨基酸,即谷氨酸或天冬氨酸；金属蛋白酶的活性中心则含有二价金属离子,如锌离子、锰离子、钴离子、铁离子、铜离子等。

　　(2)许多霉菌蛋白酶和动物胃蛋白酶、胰凝乳蛋白酶等是酸性蛋白酶,其作用最适pH值为2.0～4.5,等电点为pH3～5,在pH2～5的范围内较稳定,最适作用温度37～60℃,相对质量一般为30000～35000。

　　(3)许多芽胞杆菌蛋白酶和植物蛋白酶是中性蛋白酶,其最适pH值为6.0～8.0,等电点8～9,在pH6～7稳定,相对分子质量30000～40000,反应时间在10～30min,最适温度40～50℃,对热稳定性差。大多说中性蛋白酶属于金属蛋白酶。

　　(4)碱性蛋白酶几乎都有微生物产生,其最适pH为9.0～10.5,等电点pH 8～9,相对分子质量较小,为20000～35000,对热稳定性较差。