DNA 结构在不同种类的生物体内存在着相当大的差异。随着对基因认识的不断深入，发现在同种生物的不同个体之间，尽管其蛋白质产物的结构和功能完全相同或仅存在细微的差异，但在DNA 水平却存在着差异，尤其在不编码蛋白质的区域以及没有重要调节功能的区域表现更为突出。

DNA 顺序上的大多数突变是中性突变，即不影响生物体的表型，因而过去对这些突变不太重视，也无法用传统的遗传学方法来研究。但是，随着分子生物学技术的不断发展，人们从DNA 水平上直接分析生物体的突变成为可能。假如DNA 顺序中的某个碱基发生了突变，使突变所在部位的DNA 序列产生（或缺失）某种限制性内切酶的位点。

这样，利用该限制性内切酶消化此DNA 时，便会产生与正常不同的限制性片段。这样，在同种生物的不同个体中会出现不同长度的限制性片段类型，即限制性片段多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism ，RFLP ）。