云序超微量MeRIP测序技术在m6A甲基化文章发表的应用-2

3) m6A修饰与基因表达联合分析

通过m6A-MeRIP-seq和RNA-seq联合分析，文章展示了m6A修饰水平与基因表达水平间的关系，统计发现表达高的基因分组中，受m6A修饰的基因比例也更高。

4）甲基化相关酶的表达

通过qPCR检测了两组样品中6个甲基化相关酶的表达，发现在高度近视白内障患者中甲基化酶METTL3表达上升，去甲基化酶FTO和 ALKBH5、识别蛋白YTHDF1和YTHDF2表达下降，暗示这些酶可能通过调节m6A修饰在高度近视中发挥影响。 

文章2：老年性白内障晶状体上皮细胞内circRNA的m6A修饰和甲基化酶

发表日期：2020.8.6

研究单位：南通大学附属医院眼科研究所

研究方法：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq

样品类型：老年白内障患者（ARC）和正常人的晶状体上皮细胞

样本数目：3:3

RNA量：低至500ng

文章链接：Identification and Characterization of N6 -Methyladenosine CircRNAs and Methyltransferases in the Lens Epithelium Cells From Age-Related Cataract

文章解析：

1）circRNA甲基化位点和表达水平整体统计

文章通过对老年白内障患者和正常人的晶状体上皮细胞进行m6A-MeRIP-seq, 检测到circRNA中患者特有的m6A位点974个，正常人特有的m6A位点1109个，共有的位点2793个。文章展示了m6A修饰区域的motif分析，位点染色体分布，统计了带m6A修饰的circRNA的类型、外显子数目，比较了两组样品间m6A水平和circRNA表达，并针对m6A水平差异的circRNA的功能进行了GO和KEGG分析预测。

2）m6A水平和circRNA表达联合分析

文章结合了RNA-seq，两组学联合分析展示了m6A水平与circRNA表达的关系。通过GO功能分析和统计学分析，进一步挖掘了m6A水平差异的circRNA可能影响ARC的功能机制。

3）m6A相关酶对ARC的影响

通过RNA-seq分析发现疾病组去甲基化酶ALKBH5甲基化酶METTL14差异表达，而FTO、METTL3和WTAP表达无显著差异。通过UVB照射后qPCR和WB验证到ALKBH5表达水平升高，暗示 ALKBH5与疾病组m6A修饰差异有关。