人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。

　　微生物组研究过去主要依赖16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐。目前，双胞胎宏基因组鸟枪测序的样本量还比较小。为此，华大基因BGI和伦敦国王学院的研究人员测序了英国250名成年双胞胎的粪便样本。他们在Cell Systems杂志上发表文章，揭示了基因和环境对肠道微生物组的影响。

　　研究人员通过宏基因组鸟枪测序建立了全面的肠道菌参考基因目录。研究显示，肠道微生物组的许多细菌类群和功能模块是可遗传的，包括那些与人类疾病有关的细菌类群和功能模块。研究人员还在肠道微生物组中鉴定了八百万SNP。他们发现，双胞胎的微生物组SNP高度相似。但数十年分隔两地的生活会使这种相似性慢慢降低。这说明地理和家庭环境会影响肠道微生物组的相似性。

　　2014年7月，华南理工大学、华大基因、哥本哈根大学等单位在Nature biotechnology发布了人肠道微生物组参考基因集。研究人员构建了一个高质量、近乎完整的人类肠道微生物基因集数据库，有助于进一步认识肠道菌群与人体生理机能的功能性互作。

　　Cell杂志随后发表的一项研究显示，遗传学组成能够通过塑造微生物组决定我们的胖瘦。伦敦国王学院和康奈尔大学的研究人员收集了416对双胞胎的1千份粪便样本，并对其中的微生物进行了基因测序。研究人员还从中鉴定了一种鲜为人知的肠道菌，这种细菌高度可遗传，而且在身材苗条的人体内更为普遍。移植到小鼠体内之后，这种细菌可以避免小鼠发胖。

　　去年五月，华大基因和瑞典哥德堡大学的研究人员对98名一岁以内的瑞典婴儿进行了肠道菌群分析。婴儿的微生物组需要在成长过程中慢慢成熟。我们一直以为引入固体食物是改变婴儿肠道菌群的关键因素，但这项研究表明推动微生物组成熟的其实是断奶。研究人员发现，即使引入了固体食物，非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人。