反冲洗过滤器在过滤过程中细滤网的内层杂质逐渐堆积，它的内外两侧就形成了一个压差。当这个压差达到预设值时，将开始自动清洗过程：排污阀打开，主管组件的水力马达室和水力缸释放压力并将水排出;水力马达室及吸污管内的压力大幅下降，反冲洗过滤器由于负压作用，通过吸嘴吸取细滤网内壁的污物，由水力马达流入水力马达室，由排污阀排出，形成一个吸污过程。反冲洗过滤器当水流经水力马达时，带动吸污管进行旋转，由水力缸活塞带动吸污管作轴向运动。 

反冲洗过滤器吸污器组件通过轴向运动与旋转运动的结合将整个滤网内表面完全清洗干净。整个清洗过程将持续数十秒。排污阀在清洗结束时关闭，增加的水压会使水力缸活塞回到其初始位置，反冲洗过滤器开始准备下一个冲洗周期。在清洗过程中，过滤机正常的过滤工作不间断。整个反冲洗是以吸嘴净滤网每一点这样的方式实现的。反冲洗过滤器在反冲洗时只是吸嘴与细滤网之间很小的局域压力发生变化，而收集器与液压缸的动作也不影响正常的供水。同时，在进行反冲洗时所消耗的水量很少，以流量为300m3/h.的过滤器为例：其反冲洗流量为35-40m3/h，反冲洗时间为7-15秒，反冲洗水量为80-160L。