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如何快速发现肿瘤中的热点突变
去年10月，Ion Torrent推出了Ion AmpliSeq™ Cancer Panel，它覆盖了46个癌基因的相关区域。如今，Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2如今经过扩展，靶定50个癌基因和肿瘤抑制基因的“热点”区域，广泛覆盖KRAS、BRAF和EGFR基因，让转化和临床研究人员能够快速追踪肿瘤学研究。
此产品的引物设计经过改善，在单管中包含207对引物，仅需要10 ng DNA，让研究人员能够对FFPE组织等颇具挑战性的样品进行测序。方便的预设计产品使研究人员能够专注于数据产生和分析，而不是费时费力的引物设计和目标选择步骤。基于杂交的目标选择方法需要7至72小时才能完成目标选择和文库制备，而Ion AmpliSeq™ 技术利用简单的PCR反应，仅需3.5小时即可完成整个过程。此外，Ion AmpliSeq™ 文库构建步骤可利用标准的96孔板步骤自动化，这进一步简化了流程，让大项目能够迅速完成，而不需要额外的样品转移步骤。
FFPE测序的理想选择 C 仅需要10 ng DNA
Ion AmpliSeq™技术的突破性在于，整个Ion AmpliSeq™ Cancer Panel仅需10ng DNA，这样即使是样品量少且质量不稳定的FFPE样品，也能得到准确地代表样品。此外，此产品的引物经过设计，产生平均长度为154 bp的扩增子，因此即使是降解的样品也能生成可靠数据。利用标准的PCR设备即可完成目标选择，而无需额外投入。
最快产生目标文库 C 3.5小时
从 DNA到已注释变异的单日流程让您可开展时间敏感的分析。其他任一种目标选择方法都不能利用简单的PCR反应在3.5小时内产生目标文库。随后可将文库转移到Ion OneTouch™系统，进行模板制备，并在Ion PGM™测序仪上进行测序。PGM™ Torrent 服务器上的Torrent Suite软件可开展自动化分析。使用Ion Reporter™软件的最后一步是可选的，可开展包括变异注释在内的自动化生物信息学分析。此软件适用于常规的DNA分析(图1)。
图1. Ion AmpliSeq™ Panel的流程，利用Ion 314™芯片和90分钟、1 x 100 bp测序运行。
利用TaqMan® Assay来确认变异
TaqMan® Mutation Detection Assay能检测45个癌症相关基因的体细胞突变。分析以castPCR™ 技术为核心，能在野生型DNA的背景下检测低至0.1%的突变，这一点已通过加标实验证明。或者，选择Custom TaqMan® SNP Genotyping Assay，利用数字PCR对检测到的突变进行确认。Torrent Suite软件整合了TaqMan® Assay的搜索门户，让检测到的变异可直接提交，便于TaqMan® Assay的进一步研究。
访问lifetechnologies.com/ordertaqman，了解如何确认变异
| Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 | ||
| 目标 | 热点区域，包括50个癌基因和肿瘤抑制基因的~2,800个COSMIC突变，广泛覆盖KRAS、BRAF和EGFR基因 | |
| 扩增子长度 | 111-187 bp，平均154 bp | |
| 引物池大小 | 1管内207对引物 | |
| 起始DNA | 每个DNA样品仅需10 ng | |
| 获得结果的时间 | 10小时（DNA到已注释的变异） | |
| 样品多重分析（观察到的性能） | Ion 314™芯片：2个样品，~1,400x平均覆盖度 Ion 316™芯片：8个样品，~1,400x平均覆盖度 Ion 318™芯片：16个样品，~1,400x平均覆盖度 | |
| 规格 | 观察到的性能（Ion 314™芯片） | |
| 覆盖均一性* | ≥95% | ≥98% |
| 命中目标的读取† | ≥90% | ≥96% |
| 平均覆盖深度 | NA | >2,000x |
| SNP检测灵敏度 | NA | 对于平均测序覆盖度为1,000x至4,000x的位点，5%变异频率的检测率为98% |
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