454测序协助发现疱疹样病毒与热带珊瑚礁的大面积减少...

454测序协助发现疱疹样病毒与热带珊瑚礁的大面积减少有关

为了确定病毒病原体对珊瑚健康衰退的影响，圣地亚哥州立大学的研究人员最近在Forest Rohwer博士的领导下，用454生命科学的Genome Sequencer系统对各种环境压力下的Porites compressa珊瑚样本进行了宏基因组分析。此项研究的目的是重现目前热带珊瑚栖息地的生态变化，如pH降低、养分增加、温度升高，进而确定它们对珊瑚体内病毒群体的影响。这些实验发现在环境压力大的Porites compressa珊瑚中，一种类似疱疹的病毒呈现高丰度水平。有趣的是，病毒序列在无压力、健康的样品中几乎检测不到。

尽管珊瑚是热带珊瑚礁系统的主要建造者，但人们对它们的微生物学还知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培养的细菌和真菌上。454测序的覆盖深度及无需克隆步骤，让它成为无偏向性的大量样品宏基因组研究的理想选择。在这项研究中，Genome Sequencer系统鉴定了15,000多个与珊瑚相关的病毒序列，其中疱疹病毒是最常见的。第一作者Rebecca Vega Thurber提到，“目前获得的大量全面的测序数据让我发现，这种相似性在整个疱疹病毒基因组都具有广泛且深度的覆盖，而不是由于数据库的偏向性。”Rebecca Vega Thurber之前是圣地亚哥ForestRohwer实验室的成员，现在是佛罗里达国际大学生物学的助理教授。“更重要的是，这些序列让我们用非传统的方法去检验和证实了压力引起这些疱疹样病毒产生的假说。”

454生命科学的总裁及CEO-Christopher McLeod表示：“Rohwer博士关于气候变化如何通过诱导这个系统中病毒群体改变，从而影响热带珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我们很高兴看到利用我们454测序系统的长读长和高通量进行的宏基因组分析，能实现生物学全新领域的探索，如珊瑚病毒学，这在几年前还无法实现。”

尽管还需要进一步研究来了解这些病毒如何影响珊瑚的生理，但现在已很清楚环境压力不仅导致珊瑚共生体丧失以及细菌和真菌疾病，还引起疱疹样病毒的增加，这些变化共同作用或许可以解释伴随着海洋温度升高和污染增加出现的珊瑚礁大量死亡的原因。

454生命科学是罗氏应用科学旗下卓越的中心之一，开发并商业化了创新的454测序系统，用于超高通量的DNA测序。具体的应用包括基因组的从头测序和重测序、宏基因组学、RNA分析和DNA目标区域的定向测序。454测序系统的特点是样品制备简单且无偏向性，读长包括配对末端读长超长且准确度高。454测序系统的技术已经催生个研究领域的几百项经同行评议的研究，例如癌症和传染病研究、药物筛选、海洋生物学、人类学、古生物学等多个方面。