高效毛细管电泳是一类以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力的新型液相分离技术。高效毛细管电泳实际上包含电泳、色谱及其交叉内容，它使分析化学得以从微升水平进入纳升水平，并使单细胞分析，乃至单分子分析成为可能。

　　高效液相色谱法是色谱法的一个重要分支，以液体为流动相，采用高压输液系统，将具有不同极性的单一溶剂或不同比例的混合溶剂、缓冲液等流动相泵入装有固定相的色谱柱，在柱内各成分被分离后，进入检测器进行检测，从而实现对试样的分析。

　　相同点：

　　 1、检测器：

　　 HPCE和HPLC均可采用紫外检测器、荧光检测器和电化学检测器等。但由于HPCE采用在柱检测，光路短，灵敏度和线性范围都不如HPLC。