对于乳糖不耐症的诊断，目前建立的方法主要是临床上人乳糖不耐症的诊断，其主要的有效诊断方法有以下几种:

　　①空肠粘膜活检与乳糖酶含量的测定。此方法是诊断乳糖酶缺乏最直接的方法，被誉为“金标准”。但是，因为此方法操作难度大且为有创操作，所以很少应用于临床。

　　②粪便酸度检测。该方法主要应用于一些特殊患者，如婴幼儿。正常情况下粪便为中性、弱酸或者弱碱性，在体内乳糖酶缺乏的情况下，食用含有乳糖的食物后，粪便的酸性会增强，以此来筛查受检者乳糖酶是否缺乏。

　　③血葡萄糖测定。受检者摄入一定剂量乳糖后，每间隔15min测定血中葡萄糖浓度，若血糖升高较基础值小于1.1mmol/L，则说明乳糖酶缺乏，因为该方法受胃排空、肠道蠕动等多种因素的影响，所以个体差异较大。另外，氢呼气试验(HBT)、症状评分血和尿半乳糖测定等方法也是临床上用于诊断人乳糖不耐症比较常用的方法，但关于其他动物乳糖不耐症诊断方面的研究较少。