科研设施损坏或被迫关闭;许多外国科研人员离日回国
据《自然》网站报道，日本这次9.0级大地震造成日本许多科研基础设施和实验样品的损坏，给日本的科研带来很大打击。
受这次地震影响最严重的是日本东北大学，其所在城市仙台靠近地震震中。该校共有7座建筑遭受不同程度的毁坏，教研活动几乎完全中断，各种生活供应也十分紧张，其下属的原子分子材料科学高等研究机构(WPI-Advanced
Institute for Materials Research)，目前的设备损失估计已超过1250万美元，且还在上升。
远离震中、地处仙台南部的质子同步加速器设备J-PARC(Japan Proton Accelerator Research
Complex)虽然幸运地躲过一劫，但因为供水中断和数台服务器毁坏，该加速器已经关闭。而位于筑波的高能加速器研究机构(High-Energy
Accelerator Research Organization)的光子工厂同步加速器却遭到一定程度的破坏。