PCR Array 简单实用的检测基因表达的高通量方法（二）
PCR芯片的设计和所包含的基因 96孔模式的每种RT2Profiler PCR芯片，含有基因特异性引物，可用于研究84个与某种信号通路或者疾病相关的基因。此外，芯片中还有设置了3个检测实验质量的对照。图2为PCR芯片模式图。由于每种芯片都是根据特别的信号通路或者特定的应用范围设计的，研究者可以用它来研究自己感兴趣的一组基因，一个生物学通路或者某种疾病状态。PCR芯片所研究的基因范围相对集中，大大节省了在数据分析方面所花费的时间，相对更简洁针对性更强的信息也有利于接下来的更深入更准确的研究。因此，研究者使用PCR芯片，可以在更短的时间内得到更丰富的信息。此外，Superarray将相关基因设计在同一张PCR芯片内，为实验准备阶段也提供了方便。 
图二 PCR芯片示意图 A1-G12孔包含了同一信号通路或者疾病的84个相关基因的引物（gene 1- gene 84）
H1-H5孔包含了5个看家基因（HK1-HK5），用于芯片数据的标准化。H6为基因组DNA参照（GDC），其中固定的引物能特异性的检测非转录的基因组DNA重复片段，从而检测样品中是否存在DNA污染。H7到H9是三个重复的孔，均为反转录参照（RTC），用于检测RT反应的效率。H10到H12是阳性PCR参照（PPC），反映了PCR反应的效率。这些孔中加入了人工合成的DNA序列和相应的引物对。两组重复的对照RTC和PPC也可以用于检测芯片间和芯片内的一致性。
预设计的信号通路特异性PCR芯片 96孔模式的RT2Profiler PCR芯片根据SuperArray的Pathway-Centric TM原理设计，将现有的重要信号通路研究进展与PCR芯片方法结合，是检测信号通路提供独特的研究工具。在设计PCR芯片时，Superarray公司综合了文献资料，数据库信息，专家意见和用户反馈，不断根据客户需要开发新产品，并使芯片中所包含的基因更完整，更精确。在目前的市场中，SuperArray所提供的信号通路范围最广，并且有针对人，小鼠和大鼠的PCR 芯片产品（参见表1以及产品目录）。在芯片设计中，还整合了预测资料和实验结果，帮助研究者系统地有针对性的开展研究。这些预设计的PCR芯片，分类详细，针对性强，使研究者无需自己一一挑选基因，节省大量时间和精力，实验过程简便快速，大大推进了生命科学研究进展。目前，预设计的PCR芯片涵盖了细胞凋亡，炎症反应，信号传导，癌症以及其他疾病等广泛的生物学通路和疾病。详细的芯片列表请登陆公司网站查询。
| 应用范围 | PCR芯片产品举例 | 芯片所包含的部分基因 |
| 生物学途径 | 人细胞凋亡 （Cat. No. APHS-012） | TNF 配体和受体 BCL2 家族成员 Caspases 死亡效应功能域 ATM和p53信号通路 |
| 功能或者结构相关基因 | 小鼠细胞因子 （Cat. No. APMM-021） | 干扰素和白介素 骨形态发生蛋白 肿瘤坏死因子 多种生长因子 |
| 信号传导途径 | 人NFKB信号通路 （Cat. No. APHS-025） | 细胞外配体和受体 NFκB和IκB 家族成员 激酶 转录因子 反应基因 |
| 疾病相关 | 人癌症信号通路发现者 （Cat. No. APHS-033） | 细胞周期控制和DNA损伤修复 细胞凋亡和细胞衰老 细胞黏附 血管生成 浸润和肿瘤转移 |
表1 SuperArray 提供的PCR Array产品举例 订制的PCR芯片 如果现有的产品无法满足研究者的特定需要，SuperArray还可以提供从设计到芯片生产的完整服务，为研究者提供使用先进的PCR芯片的便捷服务。客户订制芯片服务为研究者提供以下便利：1）在使用表达谱基因组芯片后，对从基因组水平筛选出来的一组基因进行验证；2）在现有产品的基础上作适当调整以适应特殊需要；3）完全从头设计，适用于在现有的预设计PCR芯片中尚未包括的某个信号通路或者一组基因。若研究基因数目少于84个，还可以将96孔PCR芯片进一步分成更小的形式，从而可以在一次PCR反应中研究多个样品。或者进行多次重复。 有了这些产品和服务，研究者在利用这项新技术时，可以专注于研究自己所感兴趣的特定基因组合时，实验中也更加省时省力。
